Theo Quyết định, Đại học Cần Thơ là cơ sở giáo dục đại học công lập trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, có trụ sở chính tại TP Cần Thơ.
Đại học Cần Thơ thực hiện cơ cấu lại tổ chức và hoạt động trên cơ sở Trường Đại học Cần Thơ theo quy định của Luật Giáo dục đại học và quy định pháp luật có liên quan.
Bộ Giáo dục và Đào tạo, UBND TP Cần Thơ và các cơ quan liên quan theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền hướng dẫn, giám sát quá trình chuyển đổi bảo đảm minh bạch, không để xảy ra tiêu cực, thất thoát, lãng phí tài chính, tài sản; không làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường, liên tục của nhà trường; bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của người học, giảng viên, cán bộ quản lý, người lao động và các tổ chức, cá nhân có liên quan theo quy định của pháp luật.
Hội đồng trường, Chủ tịch Hội đồng trường, Hiệu trưởng của Trường Đại học Cần Thơ, tiếp tục thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo các quy định hiện hành cho đến khi Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo quyết định thành lập Hội đồng Đại học, công nhận Chủ tịch Hội đồng Đại học và công nhận Giám đốc Đại học Cần Thơ theo quy định của pháp luật.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký ban hành.
Hiện nay, về cơ cấu tổ chức, Đại học Cần Thơ đang có 6 trường thành viên, gồm: Trường Bách khoa, Trường Công nghệ thông tin và Truyền thông, Trường Kinh tế, Trường Nông nghiệp, Trường Sư phạm, Trường Thủy sản. Đơn vị còn có 10 khoa, 3 viện nghiên cứu và 1 Trường THPT Thực hành Sư phạm.
Đại học Cần Thơ hiện đang đào tạo 121 ngành/chuyên ngành đại học, 58 ngành/chuyên ngành trình độ thạc sĩ và 22 ngành trình độ tiến sĩ. Trong đó, số ngành đào tạo đủ 3 trình độ từ đại học đến tiến sĩ là 13 ngành. Quy mô đào tạo chính quy của trường trong 5 năm trở lại đây luôn đạt trên 35.000 sinh viên đại học.
Năm học 2025, Trường Đại học Cần Thơ dự kiến tuyển 10.060 chỉ tiêu, với tổng số 109 chương trình đào tạo đại học chính quy. Trong đó, có 89 chương trình đại trà, 2 chương trình tiên tiến và 13 chương trình chất lượng cao.
Mục tiêu đến năm 2030, Đại học Cần Thơ sẽ trở thành một trong những đại học có chất lượng đào tạo, danh tính khoa học ngang tầm với các trường tiên tiến trong khu vực Đông Nam Á; một trung tâm đào tạo mạnh cho các nước trong lưu vực sông Mekong; có hoạt động và vai trò ngang tầm khu vực và quốc tế; là nơi hội tụ, lan tỏa và có tầm ảnh hưởng trong khu vực và quốc tế.
