Thủ tướng lưu ý khi lập Chương trình hành động cần xác định rõ các nhiệm vụ, giải pháp chính gắn với phân công nhiệm vụ cụ thể đối với từng bộ, ngành, địa phương, thời gian thực hiện, những kết quả chủ yếu cần đạt được bảo đảm tính khoa học, khả thi; chú trọng công tác đôn đốc, kiểm tra, giám sát hàng năm tiến độ thực hiện; báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, phê duyệt trước tháng 2/2018.
Thủ tướng cũng yêu cầu các Bộ, cơ quan liên quan, UBND các tỉnh, thành phố vùng đồng bằng sông Cửu Long và Thành phố Hồ Chí Minh căn cứ nhiệm vụ được giao tại Nghị quyết và Chương trình hành động tổng thể ban hành Kế hoạch chi tiết, tập trung triển khai thực hiện quyết liệt, đồng bộ, hiệu quả các nhiệm vụ, giải pháp đề ra; chủ động bố trí kinh phí để thực hiện; thường xuyên chỉ đạo, kiểm tra, theo dõi và đôn đốc việc triển khai thực hiện để đưa Nghị quyết thực sự đi vào cuộc sống, thúc đẩy phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long; hàng năm trước ngày 15/12 báo cáo cụ thể tình hình thực hiện, gửi Bộ Tài nguyên và Môi trường tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ.