Lộ trình thực hiện hồ sơ bệnh án điện tử theo thông tư 46/2018/TT-BYT của Bộ Y tế được chia thành 2 giai đoạn: Giai đoạn từ năm 2019 - 2023, các cơ sở khám, chữa bệnh hạng I trở lên chủ động nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin tại cơ sở để triển khai hồ sơ bệnh án điện tử theo quy định. Các cơ sở khám, chữa bệnh khác căn cứ vào nhu cầu, năng lực thực tế để chuẩn bị các điều kiện cần thiết và triển khai hồ sơ bệnh án điện tử khi đáp ứng yêu cầu theo quy định.
Giai đoạn từ năm 2024 - 2028, tất cả các cơ sở khám, chữa bệnh trên toàn quốc phải triển khai hồ sơ bệnh án điện tử. Thông tư quy định việc lập, sử dụng và quản lý hồ sơ bệnh án điện tử tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đã được cấp giấy phép hoạt động theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh.
Nguyên tắc thực hiện là mỗi người bệnh chỉ có một mã số quản lý, lưu trữ hồ sơ bệnh án điện tử tại một cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Hồ sơ bệnh án điện tử phải đáp ứng các yêu cầu đó là phải ghi nhận toàn bộ nội dung thông tin như hồ sơ bệnh án giấy; phải có chữ ký số của người chịu trách nhiệm nội dung thông tin được nhập vào hồ sơ bệnh án điện tử.
Hồ sơ bệnh án này phải tuân thủ việc bảo vệ thông tin cá nhân theo quy định tại Mục 2, Chương II Luật An toàn thông tin mạng. Cơ sở khám bệnh, chữa bệnh được phép sử dụng, lưu trữ hồ sơ bệnh án điện tử thay cho hồ sơ bệnh án giấy khi đáp ứng các quy định tại Thông tư 46/2018/TT-BYT. Hồ sơ bệnh án điện tử bao gồm hồ sơ bệnh án nội trú, hồ sơ bệnh án ngoại trú và các loại hồ sơ bệnh án khác theo quy định của Bộ Y tế.
