Trong đó, thanh tra TP.HCM khẳng định Sở GD&ĐT đã tích cực triển khai và thực hiện các giải pháp đạt chỉ tiêu đề ra giai đoạn 2016-2018 đối với các nhiệm vụ được giao chủ trì trong 7 chương trình đột phá của Thành phố.
Tuy nhiên, thanh tra cũng chỉ ra nhiều sai phạm trong việc quản lý, sử dụng tài chính; quản lý, sử dụng nhà đất và trụ sở làm việc; tổ chức các cuộc hội nghị và tập huấn ngoài thành phố trong thời kỳ từ năm 2017 tới nay.
Liên quan đến các hội nghị, tập huấn ngoài TP: Thanh tra chỉ rõ, tất cả hội nghị, tập huấn ngoài TP do Sở GD&ĐT tổ chức đều kết hợp với tham quan, du lịch; có những chuyến đi dài ngày, qua nhiều tỉnh khác nhau nhưng thời gian tập huấn chỉ chiếm một phần nhỏ; chi phí của một người tham gia chuyến đi cao hơn nhiều so với mức quy định của Nhà nước.
Qua kiểm tra hồ sơ các chuyến đi, thanh tra TP cho biết số tiền mà Sở này đã thanh toán cho các công ty lữ hành khoảng 29 tỉ đồng, cao hơn nhiều so với mức quy định của Nhà nước, không phù hợp với thu nhập của ngành giáo dục cũng như mục đích - yêu cầu tập huấn.
Bên cạnh đó, Sở còn tổ chức "Hội nghị chuyên đề xây dựng Đảng" tại huyện Côn Đảo trong 3 ngày và "Hoạt động về nguồn, giao lưu trao đổi kinh nghiệm công tác cho cán bộ Đoàn" tại các tỉnh phía Bắc trong 7 ngày không phải chuyên đề về công tác chuyên môn.
Ngoài ra, sở còn tổ chức 3 chuyến đi cho Công ty cổ phần đầu tư và phát triển giáo dục Phương Nam và Công ty cổ phần sách - thiết bị giáo dục miền Nam tài trợ đi Myanmar, Ninh Chữ và Bình Định là không thuộc chức năng - nhiệm vụ của sở.
Liên quan đến nội dung quản lý và sử dụng tài chính, Thanh tra TP chỉ ra rằng Sở phân bổ lại dự toán kinh phí hoạt động cho các đơn vị trực thuộc theo các tiêu chí, định mức khác nhau về các mức phân bổ chưa phù hợp theo định mức phân bổ chi ngân sách.
Phòng Kế hoạch tài chính của Sở không kiểm tra, đối chiếu chặt chẽ về số lượng học sinh, dẫn đến sai sót trong việc cấp kinh phí cao hơn so với số lượng học sinh bình quân thực tế tại 6 trường được thanh tra với số tiền hơn 550 triệu đồng.
Hiệu trưởng 6 trường được thanh tra không báo cáo tình hình giảm số học sinh và giảm số người làm việc thực tế tại đơn vị dẫn tới việc Sở cấp cao kinh phí hơn thực tế. Những trách nhiệm này thuộc Phòng kế hoạch tài chính (Sở GD-ĐT) và hiệu trưởng các trường liên quan.
Trong khi đó, ở nội dung quản lý, sử dụng nhà đất, kết luận thanh tra có nêu, hiệu trưởng Trường THPT Marie Curie thực hiện ký hợp đồng hợp tác đầu tư xây dựng và khai thác khu Liên hợp thể dục thể thao thư viện với Công ty TNHH Gym One nhưng không có văn bản chấp thuận của UBND TP.
Trường này cũng sử dụng nhà đất ký hợp tác với Công ty cổ phần văn hóa Ngôi nhà xanh từ năm 2012 không đúng quy định. Tới năm 2015, Hiệu trưởng trường này đã ký biên bản thanh lý hợp đồng với Công ty cổ phần văn hóa Ngôi nhà xanh nhưng đến nay đơn vị này vẫn sử dụng nhà đất.
Tổng số tiền sau khi nộp thuế và trích quỹ phát triển còn lại hơn 1,1 tỷ đồng. Trách nhiệm này thuộc về hiệu trưởng, kế toán nhà trường và Giám đốc Sở thời kỳ có liên quan.
Trường THPT chuyên Lê Hồng Phong ký các hợp đồng cho thuê phòng học, nhà thi đấu thể dục thể thao là không đúng quy định. Số tiền sau khi nộp thuế và trích quỹ phát triển còn lại gần 3,2 tỷ đồng. Trách nhiệm thuộc về Hiệu trưởng Trường THPT Lê Hồng Phong thời kỳ có liên quan.
Sở GD&ĐT ký hợp đồng cho thuê mặt bằng tầng hầm B1 (trụ sở 66-68 Lê Thánh Tôn) để giữ xe từ tháng 1-2012 đến tháng 12-2018 với số tiền 252 triệu đồng không đúng quy định. Trách nhiệm này thuộc về Giám đốc, Chánh văn phòng và Kế toán trưởng Sở thời kỳ có liên quan.
Thanh tra TP kiến nghị và đã được chủ tịch UBND TP thống nhất yêu cầu ngành giáo dục - đào tạo TP tổ chức kiểm điểm trách nhiệm các tổ chức, cá nhân có liên quan theo kết luận thanh tra.