Theo Quyết định, Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, điều hành việc triển khai thực hiện nội dung Kết luận số 37-TB/TW ngày 26/5/2011 của Bộ Chính trị về Đề án “Đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, đẩy mạnh xã hội hóa một số loại hình dịch vụ sự nghiệp công”, Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập và các quy định của pháp luật về đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập.
Ban Chỉ đạo làm việc theo nguyên tắc tập trung dân chủ, đề cao trách nhiệm cá nhân. Các thành viên thảo luận tập thể, Trưởng ban kết luận.
Trưởng ban (hoặc Phó Trưởng ban được ủy quyền) là người chủ trì và kết luận tại các cuộc họp Ban Chỉ đạo; ký các văn bản của Ban Chỉ đạo gửi Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và các cơ quan có liên quan.
Trường hợp không tham dự cuộc họp, thành viên Ban Chỉ đạo ủy quyền cho cán bộ có trách nhiệm họp thay và phải chịu trách nhiệm về ý kiến của người được ủy quyền.
Ban Chỉ đạo họp phiên toàn thể 6 tháng một lần, họp bất thường khi cần theo quyết định của Trưởng ban.
