Bộ Y tế giao cho Cục An toàn thực phẩm chủ trì,phối hợp với Vụ Sức khỏe Bà mẹ - Trẻ em xây dựngvà ban hành quy định về sản phẩm sữa tươi phục vụ Chương trình sữa học đường đến năm 2020 phải đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm; Xây dựng nhãn mác sản phẩm riêng cho các loại sữa tham gia chương trình; Phối hợp với Vụ Sức khỏe Bà mẹ - Trẻ em và các đơn vị liên quan xây dựng dự thảo Kế hoạch triển khai Chương trình sữa học đường trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Ngoài ra, Cục An toàn thực phẩm có trách nhiệm cùng với các đơn vị liên quan biên soạn tài liệu, tổ chức đào tạo nâng cao năng lực cho đội ngũ cán bộ y tế, giáo viên tham gia Chương trình sữa học đường; Hướng dẫn địa phương, đơn vị tổ chức triển khai thực hiện chương trình; Theo dõi, giám sát việc triển khai và đánh giá hiệu quả của chương trình.
Bộ Y tế cũng giao Vụ Sức khỏe Bà mẹ - Trẻ em xây dựng Kế hoạch hoạt động triển khai chương trình; Tổ chức các chuyến giám sát việc triển khai và đánh giá hiệu quả của chương trình. Bộ Y tế cũng giao Viện Dinh Dưỡng xây dựng định mức quy định sữa phù hợp với lứa tuổi nhằm đáp ứng các chỉ tiêu của Chương trình sữa học đường.
