Đại hội được tổ chức theo Quyết định 70/2014 (Điều lệ trường đại học) do Chính phủ ban hành và có hiệu lực từ ngày 30/1/2015.
Ngay khi đại hội bắt đầu, những gay cấn, tranh luận về tính hợp pháp của đại hội đã nổ ra. Với thái độ bức xúc, ông Nguyễn Trung Đức và bà Nguyễn Thị Hòa (nhóm cổ đông 30%) gây náo loạn, giật micro phát biểu và cho rằng đại hội toàn trường không hợp pháp.
Ông Nguyễn Trung Đức, cho rằng: Đại hội toàn trường ĐH Hoa Sen là trái luật vì ngày 29/1 Sở GD&ĐT TPHCM vừa ban hành văn bản nêu rõ, nếu ĐH Hoa Sen muốn hoạt động theo cơ chế trường ĐH tư thục không vì lợi nhuận theo điều lệ trường ĐH mới, cần phải làm hồ sơ để Bộ GD&ĐT thẩm định, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định công nhận. Hiện tại ĐH Hoa Sen chưa được Thủ tướng quyết định công nhận, Bộ GD&ĐT chưa thẩm định. Do đó, việc trường tiến hành đại hội là sai.
TS Bùi Trân Phượng - Hiệu trưởng Trường ĐH Hoa Sen - khẳng định: Việc tổ chức đại hội toàn trường nhằm tổng kết năm học, góp ý sửa đổi quy chế hoạt động là hoạt động thường niên, được tổ chức dưới sự tán đồng và giám sát của toàn thể cổ đông góp vốn, cán bộ, GV của nhà trường nên không thể nói là sai.
“Theo kết quả kiểm tra của các đại biểu tham dự đại hội, có 431 đại biểu có đủ tư cách tham dự, trong đó có 353 đại biểu tham dự và được ủy quyền tham dự (trong đó có 269/270 người là cán bộ, giảng viên của trường-chiếm 81,9%). Vì vậy, Ban chủ tọa khẳng định, đại hội là hoàn toàn hợp pháp, hợp lệ với quy chế của ĐH Hoa Sen” - TS Phượng phản bác.
Không đồng tình với sự phản bác từ TS Phượng, ông Nguyễn Trung Đức tiếp tục giật micro, cướp diễn đàn nên bị đại hội phủ quyết, yêu cầu rời khỏi đại hội dưới sự hộ tống của bảo vệ.
Sau một chút gián đoạn, Đại hội toàn trường ĐH Hoa Sen tiếp tục với các báo cáo tổng kết năm học, tình hình tài chính, tuyển sinh của nhà trường trong năm học vừa qua tới các cổ đông và cán bộ, GV nhà trường, cũng như tiến hành thảo luận, góp như cho dự thảo quy chế hoạt động, quy chế tài chính của trường ĐH Hoa Sen theo hình thức phi lợi nhuận.
Ngay phần thảo luận dự thảo quy chế tài chính, tổ chức và hoạt động của trường ĐH Hoa Sen theo mô hình phi lợi nhuận, cổ đông được ủy quyền Dương Thị Hương chất vấn: Tại sao HĐQT không nói tới quyết định của tòa về vụ kiện tính hợp pháp của đại hội cổ đông bất thường.
Căn cứ vào đâu mà ĐH Hoa Sen nói là ĐH cổ đông bất thường không hợp pháp khi số cổ đông nắm giữ cổ tức trên 75%. Về vấn đề tài chính phía công ty Vĩnh An đang năm giữ là 16 tỉ đồng - gây thất thoát, sao đến nay cổ đông chúng tôi vẫn chưa được biết hướng giải quyết 16 tỉ này như thế nào?.
Một đại biểu tên Nguyễn Công Đức (góp 6% vốn) trả lời thay HĐQT khi cho rằng: Đừng vì lợi nhuận mà tranh giành, đánh mất đi vị thế và hình ảnh của trường ĐH Hoa Sen nữa. ĐH Hoa Sen ngay từ đầu thành lập (1991) vốn dĩ đã là trường hoạt động theo mục tiêu không vì lợi nhuận.
Vậy tại sao chúng ta cứ phải tranh cãi, bàn mãi về vấn đề này khi trường đang phát triển theo một định hướng rất đúng đắn. Nếu chúng ta vì lợi nhuận chuyển sang phi lợi nhuận mới phải bàn. Chúng tôi đầu tư vào trường vì trường theo định hướng phi lợi nhuận, chứ không phải vì lợi nhuận.
Đại biểu Trương Quốc Tụy cũng nhận định: ĐH Hoa Sen ra đời để nuôi ước vọng của nhiều tầng lớp nhân dân. Vị trí của ĐH Hoa Sen có như hiện nay là nhờ được sự ưu ái hết sức của Thành ủy TPHCM, Bộ GD&ĐT.
Trong thời gian dài trường đã đi những bước rất vững chắc, nhưng một vài tháng cuối của năm vừa qua có trục trặc, không vì ai đúng, sai. Nhưng tôi thiết nghĩ đừng quá vì đồng tiền.
Tiếp lời đại biểu Tụy, đại biểu Nguyễn Thiện Tống nhấn mạnh: Tôi là người nằm trong Ban Giám hiệu sáng lập trường ĐH Hoa Sen ngay từ những ngày đầu.
Nhìn lại chặng đường 20 năm phát triển của nhà trường, với định hướng phi lợi nhuận một cách kiên định, tôi nghĩ rằng nếu có một trường tư thục phi lợi nhuận đầu tiên của Việt Nam, tôi nghĩ ĐH Hoa Sen xứng đáng với điều đó.
Người đóng góp vốn nhiều nhất cho trường là sinh viên - là người đóng học phí. Vì vậy, điều cổ đông, đại biểu chúng ta thật sự tôn trọng chính là sinh viên của chúng ta.
Kết thúc Đại hội toàn trường của trường ĐH Hoa Sen, sáng nay, sau phần thảo luận và lấy ý kiến biểu quyết của đại hội về dự thảo quy chế tổ chức và hoạt động, quy chế tài chính nội bộ của ĐH Hoa Sen. 100% đại biểu tán đồng với dự thảo quy chế tài chính nội bộ của trường ĐH Hoa Sen, 100% tán đồng với dự thảo quy chế tổ chức & hoạt động của ĐH Hoa Sen.
Phần lấy ý kiến đại biểu thông qua toàn văn các vấn đề tại đại hội chỉ có 3 ý kiến phản đối và không tán đồng, còn lại tất cả đều tán đồng.