Theo Kiểm toán Nhà nước, chương trình phát triển NƠXH tại TP Hồ Chí Minh chưa đạt mục tiêu đề ra, chỉ hoàn thành được 13.874 căn hộ, đạt 69% so với kế hoạch. TP còn lựa chọn chủ đầu tư, phê duyệt chủ trương đầu tư 22 dự án NƠXH trước khi có Chương trình phát triển NƠXH của TP giai đoạn 2016 - 2025.
Chưa xác định vị trí, quy mô hoặc có xác định nhưng chưa bảo đảm tỉ lệ quỹ đất để phát triển NƠXH tại các đồ án quy hoạch phân khu xây dựng đô thị, quy hoạch phân khu tỉ lệ 1/2.000 trên địa bàn 3 quận (Quận 12, Bình Tân và Quận 9).
Một số dự án được hoán đổi 20% diện tích đất để phát triển NƠXH bằng một khu đất khác không có trong quy định như: Dự án Khu dân cư và Công viên Phước Thiện (Quận 9 cũ nay là TP Thủ Đức); Dự án Khu dân cư Hoàng Nam, (phường An Lạc, quận Bình Tân).
Đặc biệt, kiểm toán Nhà nước chỉ ra còn có tình trạng người được mua, cho thuê NƠXH sử dụng không đúng mục đích. Cụ thể, kiểm toán Nhà nước cho biết khi kiểm toán chi tiết 5 dự án NƠXH tại TP phát hiện 85 trường hợp người được mua, thuê NƠXH có dấu hiệu đã có nhà ở tại thời điểm được mua, thuê NƠXH; 64 trường hợp người được mua, thuê NƠXH có giao dịch ủy quyền về NƠXH...
Ngoài ra, còn nhiều trường hợp sở hữu đất đai nhưng chưa có hồ sơ chứng minh có nhà trên đất nên đoàn chưa đánh giá.
Trong hàng loạt các sai phạm mà kiểm toàn Nhà nước chỉ ra trong việc phát triển NƠXH tại TP, có cả lỗi sai khi dự án chưa hoàn tất các thủ tục pháp lý nhưng đã được bàn giao cho người dân vào sử dụng.
Đơn cử như dự án NƠXH cho thuê, Khu dân cư Lê Thành (phường An Lạc, quận Bình Tân) chưa hoàn tất các thủ tục pháp lý về quyền sử dụng đất, chưa được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền bàn giao mốc giới, lộ giới các tuyến đường, hẻm, cao độ san nền ngoài thực địa liên quan đến khu đất xây dựng công trình tại thời điểm khởi công. Nhưng dự án đã được bàn giao cho người dân để vào ở.
Ngoài ra, kết quả kiểm toán còn cho thấy, có hiện tượng cho phép nộp bằng tiền thay cho việc bắt buộc dành 20% diện tích đất để phát triển NƠXH đối với các dự án có quy mô sử dụng đất dưới 10ha.
Theo kiểm toán Nhà nước, việc cho phép nộp bằng tiền thay này không phù hợp với quy định tại Khoản 2 Điều 16 Luật Nhà ở năm 2014 và Khoản 1 Điều 118 Luật Đất đai năm 2013.
Mặt khác, hiện TP chưa có hướng dẫn, quản lý, đôn đốc các chủ đầu tư thực hiện nghĩa vụ nộp số tiền tương đương với giá trị quỹ đất 20% vào ngân sách địa phương để đầu tư xây dựng NƠXH.
Kiểm toán Nhà nước cũng nêu rõ, việc lập, thẩm tra, phê duyệt dự toán chưa chính xác về khối lượng, đơn giá, chưa xác định rõ diện tích chung, riêng, phương án tài chính còn sai sót làm ảnh hưởng giá bán, cho thuê. Kiểm toán Nhà nước kiến nghị các chủ đầu tư giảm giá trị dự toán 83 tỉ đồng đối với 5 dự án được kiểm toán chi tiết.
Kết quả kiểm toán còn cho thấy một số tồn tại, bất cập về cơ chế, chính sách như chính sách ưu đãi về thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các dự án NƠXH.
