Theo đó, Cục Hàng không Việt Nam (không bao gồm các Cảng vụ Hàng không và các đơn vị sự nghiệp công lập) được thực hiện một số cơ chế đặc thù.
Cụ thể, về nội dung chi đặc thù tính vào kinh phí thực hiện chế độ tự chủ, cán bộ, công chức trong chỉ tiêu biên chế và người làm việc theo chế độ hợp đồng lao động quy định tại Nghị định số 68/2000/NĐ-CP ngày 17 tháng 11 năm 2000 của Chính phủ được áp dụng hệ số điều chỉnh mức lương cơ sở tăng thêm 0,8 lần so với mức lương cơ sở do Chính phủ quy định. Mức lương tăng thêm được áp dụng hệ số điều chỉnh gồm mức lương theo ngạch, bậc, chức vụ và các loại phụ cấp hiện hưởng, không bao gồm tiền lương làm việc vào ban đêm, làm thêm giờ. Mức lương tăng thêm không dùng để tính đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp và kinh phí công đoàn.
Đối tượng quy định nêu trên không áp dụng trong các thời gian: Đi công tác, làm việc, học tập ở nước ngoài hưởng 40% tiền lương theo quy định tại khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14/12/2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang; đi học tập trung trong nước từ 3 tháng liên tục trở lên; nghỉ việc riêng không hưởng lương; nghỉ ốm đau, thai sản vượt quá thời hạn theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; bị đình chỉ công tác, bị tạm giam.
Cán bộ, công chức trực tiếp làm công tác quản lý, giám sát, đảm bảo an toàn hàng không được áp dụng chế độ thưởng an toàn mức 15% của mức lương hiện hưởng theo ngạch, bậc cộng với phụ cấp chức vụ lãnh đạo (không bao gồm các khoản phụ cấp khác).
Bộ Giao thông vận tải ban hành quy chế thưởng an toàn hàng không gắn với tiêu chuẩn, quy trình, quy phạm về an toàn được cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành và giám sát việc thực hiện.
Nội dung chi đặc thù tính vào kinh phí không thực hiện chế độ tự chủ gồm: Thuê giám sát viên an toàn bay, giám sát viên an toàn đủ điều kiện bay của tàu bay làm việc thường xuyên tại Cục Hàng không Việt Nam; chi đào tạo, chi hợp tác quốc tế, chi tổ chức đánh giá chất lượng dịch vụ chuyên ngành hàng không; chi trang phục công tác.
Nguồn kinh phí giao tự chủ nếu có tiết kiệm được sử dụng chi cho các nội dung theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP ngày 07/10/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước; trong đó, bổ sung thu nhập cho cán bộ, công chức tối đa không quá 1,0 lần so với mức tiền lương ngạch, bậc, chức vụ do Nhà nước quy định.
Nguồn kinh phí đảm bảo chế độ chi đặc thù: Ngân sách nhà nước cấp từ kinh phí chi quản lý hành chính; nguồn phí nhượng quyền khai thác cảng hàng không, sân bay của các Cảng vụ Hàng không được để lại chi theo quy định; nguồn thu phí được để lại trong lĩnh vực hàng không và thu khác theo quy định của pháp luật (nếu có). Bộ Tài chính chịu trách nhiệm hướng dẫn về nguồn kinh phí đảm bảo chế độ chi đặc thù nêu trên.
Các Cảng vụ Hàng không thực hiện chế độ tự chủ theo Nghị định số 141/2016/NĐ-CP ngày 10/10/2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác.
