Theo quyết định của Bộ trưởng Thông tin và Truyền thông Nguyễn Mạnh Hùng ngày 4/6, Trung tâm Công nghệ phòng chống Covid-19 đặt trụ sở tại Cục Tin học hóa. Ông Đỗ Công Anh, Phó cục trưởng Tin học hóa, là giám đốc Trung tâm, điều hành chung. Trung tâm làm việc linh hoạt, không phải một tổ chức hành chính, không phát sinh thêm tổ chức, biên chế.
Trung tâm còn chịu trách nhiệm quản lý và phân phối dữ liệu khai báo y tế điện tử; khai báo di chuyển nội địa; phản ánh của người dân; dữ liệu kiểm dịch; kiểm soát vào ra tại các điểm kiểm dịch.
Ngoài ra, Trung tâm sẽ phát triển hoặc nhận chuyển giao công nghệ mới trong phòng chống dịch; hỗ trợ Bộ Y tế, các địa phương.