Chủ tịch Hội đồng thẩm định liên ngành là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Phó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Các ủy viên Hội đồng là lãnh đạo các Bộ, ngành, địa phương: Bộ Giao thông vận tải; Bộ Tài chính; Bộ Tài nguyên và Môi trường; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Bộ Quốc phòng; Bộ Công an; Bộ Xây dựng; Bộ Công Thương; Bộ Tư pháp; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; UBND tỉnh Đồng Nai và UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định liên ngành.
Hội đồng thẩm định liên ngành có nhiệm vụ và quyền hạn sau: Tổ chức thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án theo quy định; xem xét, quyết định các vấn đề về nội dung, kế hoạch thẩm định và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án; yêu cầu cơ quan có thẩm quyền cung cấp tài liệu phục vụ nhiệm vụ thẩm định;
Hội đồng thẩm định liên ngành làm việc theo chế độ tập thể theo chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng. Phiên họp của Hội đồng được coi là hợp lệ khi có ít nhất 50% số thành viên tham dự (kể cả người được ủy quyền).
Kết luận thông qua các nội dung thẩm định phải được tối thiểu 50% số thành viên Hội đồng biểu quyết thông qua (bao gồm cả số thành viên có mặt tại phiên họp và số thành viên biểu quyết bằng văn bản). Trường hợp tỷ lệ biểu quyết bằng nhau và bằng 50% số thành viên Hội đồng, nội dung thẩm định được thông qua theo ý kiến đã biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng. Kết luận cuối cùng thông qua báo cáo thẩm định phải được tối thiểu 2/3 số thành viên Hội đồng biểu quyết thông qua (bao gồm cả số thành viên có mặt tại phiên họp và số thành viên biểu quyết bằng văn bản).
Hội đồng được sử dụng con dấu và tài khoản (nếu cần) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng.
