Qua thanh tra 19 đơn vị trực thuộc UBND tỉnh Kon Tum (11 sở, ban, ngành và 8 huyện, thành phố) trong giai đoạn 2012 - 2015, kết luận chỉ rõ một số tồn tại hạn chế như: Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum còn uỷ quyền cho Chánh Thanh tra tỉnh tiếp công dân; việc kiểm tra, đôn đốc công tác tiếp công dân, giải quyết KN,TC đối với các sở ngành, huyện, thành phố chưa được thường xuyên. Một số vụ việc khiếu nại kéo dài, nhưng chưa được giải quyết dứt điểm, vẫn còn đơn thư KN lên cấp trên.
Chủ tịch UBND một số huyện và thủ trưởng một số sở, ngành tiếp dân định kỳ chưa đầy đủ theo quy định. Đặc biệt, Giám đốc Sở Tài chính không tiếp công dân định kỳ theo quy định.
Một số nơi chưa bố trí phòng tiếp công dân riêng, sổ tiếp công dân ghi chép chưa đầy đủ việc tiếp dân thường xuyên và tiếp dân định kỳ của lãnh đạo như: Sở Nội vụ, Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, Sở Tài chính, Sở Y tế, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Văn hoá - Thể thao và Du lịch, Sở Kế hoạch và Đầu tư. Sở Xây dựng.
Đội ngũ cán bộ làm công tác tiếp công dân, giải quyết KN,TC chưa được bồi dưỡng về nghiệp vụ làm ảnh hưởng đến chất lượng, hiệu quả công tác; chưa phân công cán bộ làm công tác tiếp dân thường xuyên theo quy định.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra việc kê khai tài sản, thu nhập tại một số đơn vị ở Kon Tum còn chậm so với quy định, chưa xây dựng kế hoạch chuyển đổi vị trí công tác đối với cán bộ, công chức. Thực hiện chế độ báo cáo công tác PCTN chưa kịp thời.
Một số cơ quan, đơn vị người đứng đầu chưa nhận thức đầy đủ về công tác PCTN nên việc lãnh đạo, chỉ đạo chưa chặt chẽ, kiên quyết, thiếu kiểm tra, đôn đốc thực hiện. Việc công khai minh bạch trong công tác tổ chức cán bộ của một số đơn vị chưa đúng theo quy định của pháp luật.
Tổng Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum chỉ đạo và thực hiện tốt việc tiếp công dân theo đúng quy định, tăng cường công tác thanh tra trách nhiệm của người đứng đầu trong việc thực hiện pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, KN,TC và PCTN tập trung tại các huyện thị và các sở, ban, ngành để chấn chỉnh, khắc phục và xử lý kịp thời những trường hợp vi phạm.
Chỉ đạo kiểm điểm nghiêm túc đối với Giám đốc Sở Tài chính về việc không tiếp công dân định kỳ theo quy định; chỉ đạo Giám đốc các sở, ngành và Chủ tịch UBND các huyện, thành phố chú trọng công tác giám sát đoàn thanh tra, thẩm định kết quả thanh tra để chấn chỉnh những sai sót về trình tự, thủ tục thời gian hoạt động các cuộc thanh tra, tăng cường kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện các kết luận thanh tra đã có hiệu lực pháp luật, tập trung thu hồi tiền, tài sản vi phạm vào ngân sách nhà nước và xử lý những cá nhân, tập thể vi phạm theo đúng quy định của pháp luật,
Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hoà Bình đã đồng ý với kết luận của Thanh tra Chính phủ và yêu cầu UBND tỉnh Kon Tum thực hiện các kiến nghị của Thanh tra Chính phủ tại kết luận nêu trên và gửi kết quả thực hiện đến Thanh tra Chính phủ để tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 1/8/2017.