Theo đó, lãnh đạo TAND cấp cao tại TPHCM, các thành viên Ủy ban thẩm phán đã thống nhất chấp nhận kháng nghị giám đốc thẩm của chánh án TAND cấp cao tại TPHCM, hủy bản án phúc thẩm của TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, giữ nguyên bản án của TAND TP Vũng Tàu, tuyên phạt bị cáo Nguyễn Khắc Thủy 3 năm tù.
Tháng 1/2017, TAND TP Vũng Tàu mở phiên tòa xét xử sơ thẩm và nhận định hành vi của ông Thủy đã cấu thành tội dâm ô với trẻ em với tình tiết phạm tội nhiều lần, phạm tội với nhiều trẻ em nên tuyên phạt bị cáo 3 năm tù. Sau đó, bị cáo Thủy kháng cáo kêu oan.
Sau bản án phúc thẩm, VKSND tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu đã có công văn hỏa tốc báo cáo với VKSND Cấp cao tại TPHCM, VKSND Tối cao và yêu cầu xem xét kháng nghị theo thủ tục giám đốc thẩm với bản án phúc thẩm đã tuyên với ông Thủy.
Ngay sau khi bản án được tuyên đã gây ra một làn sóng phẫn nộ trong dư luận. Nhiều ý kiến cho rằng mức án trên không mang tính răn đe đối với bị cáo. Do đó, TAND Tối cao đã chỉ đạo rút hồ sơ lên để xem xét và nếu đủ căn cứ thì kháng nghị giám đốc thẩm.
Ngày 17/5, Chánh án TAND Cấp cao tại TPHCM đã ra quyết định kháng nghị giám đốc thẩm đối với bản án hình sự phúc thẩm của TAND tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu tuyên bị cáo Nguyễn Khắc Thủy. Đồng thời, TAND Tối cao đã yêu cầu TAND tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu tạm đình chỉ công tác đối thẩm phán Huỳnh Ngọc Thiện là chủ tọa phiên tòa.
Quyết định kháng nghị giám đốc thẩm của TAND Cấp cao tại TPHCM nêu rõ: Theo bản cáo trạng của VKSND TP.Vũng Tàu truy tố Nguyễn Khắc Thủy tội dâm ô với trẻ em đối với 2 bị hại.
Qua việc xem xét toàn bộ các tài liệu của vụ án, nhận thấy rằng tại bản tự khai ngày 20-8-2016 biên bản ghi lời khai bị hại H.A. trình bày, khi bị Nguyễn Khắc Thủy có hành vi dâm ô thì bị hại đã phản ứng bằng cách giằng co để Thủy buông tay ra nhưng Thủy giữ chặt tay H.A. để tiếp tục thực hiện hành vi của mình.
Quá trình điều tra thì Nguyễn Khắc Thủy khai có quen biết và thân thiết với H.A. và thường xuyên xoa đầu, vỗ vai bị hại H.A. Thủy phủ nhận toàn bộ lời khai của nhân chứng và bị hại, không thừa nhận có hành vi dâm ô với H.A. Tuy nhiên, tòa sơ thẩm đã căn cứ vào lời khai, biên bản thực nghiệm điều tra và các tài liệu chứng cứ khác tuyên buộc Thủy có hành vi dâm ô với H.A.
Ủy ban Thẩm phán cho rằng nhận định này của tòa phúc thẩm là chủ quan, không đúng với tính cách của bị hại thể hiện trong hồ sơ và phiên tòa sơ thẩm, phúc thẩm. Lời khai của bị hại thể hiện bị cáo Thủy đã giữ tay bị hại khiến bị hại không vùng vẫy được.
Quyết định giám đốc thẩm còn cho rằng tòa án cấp phúc thẩm chưa thẩm tra, đánh giá lại toàn bộ chứng cứ có trong hồ sơ vụ án mà tòa sơ thẩm đã xem xét kết tội Nguyễn Khắc Thủy, nhưng đã kết luận không có cơ sở kết tội Nguyễn Khắc Thủy có hành vi dâm ô với bị hại H.A. là chưa có căn cứ, chưa phù hợp với tình tiết khách quan của vụ án.
Ngoài ra, quá trình điều tra tại phiên tòa sơ thẩm và phúc thẩm Nguyễn Khắc Thủy cũng không thừa nhận hành vi dâm ô với bị hại A.D. Tòa sơ thẩm và phúc thẩm đã căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ có trong hồ sơ vụ án đã được thẩm tra tại phiên tòa kết tội Nguyễn Khắc Thủy về hành vi dâm ô với A.D. là có căn cứ.
Việc tòa phúc thẩm quyết định cho Nguyễn Khắc Thủy hưởng án treo trong trường hợp này là áp dụng không đúng quy định.
Cho rằng bản án sơ thẩm đã xét xử bị cáo là có căn cứ, đúng người đúng tội, Ủy ban Thẩm phán TAND cấp cao tại TPHCM đã tuyên hủy bản án phúc thẩm, và giữ nguyên bản án sơ thẩm, tuyên phạt bị cáo Thủy 3 năm tù giam.
