Trước đây đã có thông tin từ một số phương tiện truyền thông giấu tên của Mỹ cho rằng hệ thống điều khiển máy bay chiến đấu loại này có một số điểm yếu có thể là điểm khởi đầu cho những kẻ tấn công mạng.
Thông tin cho rằng tin tặc có thể "chặn tín hiệu" đi từ máy bay này sang máy bay khác hoặc "xuống đất". Việc chặn tín hiệu như vậy là cơ sở để đưa ra giả thuyết có thể dẫn đến việc chặn sự kiểm soát trên chiếc F-35.
Lỗ hổng này là một trong những vấn đề bức xúc được chính phủ đưa ra thảo luận. Các báo cáo công khai của quân đội chỉ ra rằng tất cả các loại vũ khí của bộ quốc phòng Mỹ đều dễ bị tấn công mạng. Sự tồn tại của những sai sót như vậy thực tế là do nhiều hệ thống điều khiển được chế tạo ra trong giai đoạn các cuộc tấn công mạng chỉ là thô sơ.
Để khắc phục các lỗ hổng này thời gian gần đây trên các phương tiện truyền thông Mỹ đã công bố và giới thiệu các sản phẩm có sở hữu trí tuệ nhân tạo được sử dụng để thực hiện nhiệm vụ kiểm soát mạng của các hệ thống điều khiển vũ khí trên các máy bay như B-2 Spirit, F-15 Eagle, F-35 Lightning.
Các sản phẩm này thực hiện một loạt các chức năng giúp cho các phương tiện chiến đấu trên không có một số lợi thế hơn so với kẻ thù. Mới đây một hệ thống máy tính Autonomic Logistics Information System (ALIS) được tạo ra giành cho máy bay F-35, có thể kiểm tra đánh giá chất lượng toàn bộ tổ hợp này.
