Dự thảo Luật cũng quy định cho phép các pháp nhân độc lập thực hiện xếp hạng theo xu hướng quốc tế, không quy định cơ quan nhà nước thực hiện xếp hạng như Luật giáo dục đại học hiện hành.
Về phân tầng các cơ sở giáo dục đại học: tuy không gọi là quy định về phân tầng nhưng Dự thảo Luật Giáo dục Đại học đã bổ sung quy định về việc căn cứ vào yêu cầu phát triển kinh tế, xã hội, cơ sở giáo dục đại học xác định mục tiêu phát triển, định hướng hoạt động theo hai loại:
a) Cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu;
b) Cơ sở giáo dục đại học định hướng ứng dụng.
Dự thảo Luật giao Chính phủ quy định tiêu chí công nhận cơ sở giáo dục đại học theo định hướng nghiên cứu trên cơ sở kết quả đào tạo, nghiên cứu; có chính sách phù hợp để phát triển các cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu, định hướng ứng dụng.
Bên cạnh đó việc phân tầng các cơ sở giáo dục đại học còn được thực hiện bởi nhiệm vụ quy hoạch mạng lưới các cơ sở giáo dục đại học (sửa Điều 11).