Các đồng phạm với ông Chung bị đề nghị truy tố về tội danh nêu trên, gồm: Nguyễn Anh Ngọc (công tác tại Phòng Thư ký biên tập, tổ giúp việc UBND TP Hà Nội), Nguyễn Hoàng Trung (chuyên viên Phòng Thư ký biên tập thuộc Văn phòng UBND TP Hà Nội, lái xe của ông Nguyễn Đức Chung) và Phạm Quang Dũng (cán bộ của Cục C03 - Bộ Công an).
Theo kết quả điều tra, ông Chung và các bị can nêu trên đã có hành vi chiếm đoạt tài liệu bí mật, trong đó có tài liệu mật liên quan đến vụ án Nhật Cường.
Ngày 28/8/2020, ông Chung bị khởi tố, bắt tạm giam, tối cùng ngày cơ quan chức năng cũng thức hiện khám xét nhà riêng và nơi làm việc của ông này.
Trước đó, ngày 11/8/2020, ông Chung bị đình chỉ công tác 90 ngày để xác minh, điều tra vai trò liên quan đến 3 vụ án gồm: Nhật Cường Mobile, Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước và Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Đối với vụ án Nhật Cường, cơ quan chức năng thấy rằng có gói thầu số hóa của Sở KH&ĐT Hà Nội có dấu hiệu vi phạm quy định về đấu thầu gây thiệt hại 19,8 tỷ đồng. Việc này có một phần trách nhiệm của ông Nguyễn Đức Chung trên cương vị Chủ tịch UBND TP Hà Nội.
Còn trong vụ xử lý ô nhiễm nước hồ bằng chế phẩm Redoxy 3C, CQĐT cũng xác định quá trình triển khai và thực hiện dự án đã gây thất thoát cho Nhà nước khoảng 41 tỷ đồng. Với vai trò Chủ tịch UBND TP Hà Nội, ông Chung có một phần trách nhiệm.
Trước khi trở thành Chủ tịch UBND TP Hà Nội, ông Chung từng là Đội trưởng Đội Trọng án của Phòng Cảnh sát Hình sự - Công an TP Hà Nội.
Từ năm 2004 đến 2007, ông là Phó trưởng phòng Cảnh sát Hình sự rồi Trưởng phòng Cảnh sát Hình sự.
Giai đoạn năm 2011-2012, ông Chung được bổ nhiệm làm Phó Giám đốc Công an TP Hà Nội. Tháng 9/2012, ông Chung được bổ nhiệm làm Giám đốc Công an TP Hà Nội.
Tháng 12/2015, ông Chung được bầu giữ chức Chủ tịch UBND Hà Nội.