Ngày 16/7/2019, dưới sự chủ trì của Tổng Bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng, Ban Bí thư họp xem xét, thi hành kỷ luật đối với Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải và nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Nguyễn Hồng Trường.
Sau khi xem xét Tờ trình của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Ban Bí thư nhận thấy Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải (GTVT) nhiệm kỳ 2011 - 2016, đã vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ, Quy chế làm việc của Ban cán sự đảng Bộ GTVT và Quy định của Bộ Chính trị; ban hành nghị quyết trái với chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát, để xảy ra nhiều vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện cổ phần hóa, tái cơ cấu và thoái vốn nhà nước tại các doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ GTVT và trong thực hiện một số dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông tại Tổng Cty Cảng Hàng không Việt Nam.
Ban Bí thư đánh giá vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016 là nghiêm trọng, làm thiệt hại và thất thoát lớn tiền, tài sản của Nhà nước, để nhiều cán bộ, đảng viên bị xử lý kỷ luật, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và ngành GTVT. Căn cứ Quy định của Bộ Chính trị về xử lý tổ chức đảng vi phạm; xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả của vi phạm, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016 bằng hình thức cảnh cáo.
Đối với nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Hồng Trường, trong thời gian giữ cương vị Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng, Trưởng Ban Chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp Bộ GTVT cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ GTVT.
Chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ GTVT, đề nghị Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hóa, cho cổ phần hóa,… không đúng thẩm quyền. Vi phạm các quy định của pháp luật về cổ phần hóa, quản lý vốn tại các doanh nghiệp; đồng ý cho Tổng Cty Hàng không Việt Nam thực hiện một số hoạt động không đúng với quy định của Luật Doanh nghiệp năm 2013 và các quy định của Chính phủ. Thiếu kiểm tra, để các doanh nghiệp được phân công phụ trách vi phạm gây thất thoát tài sản của nhà nước.
Quá trình kiểm điểm, đồng chí Nguyễn Hồng Trường đã nhận thức rõ vi phạm và trách nhiệm của mình trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công. Vi phạm, khuyết điểm của đồng chí Nguyễn Hồng Trường là nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, ngành GTVT và cá nhân đồng chí.
Căn cứ Quy định của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm. Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả các vi phạm và quá trình công tác, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật nguyên Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường bằng hình thức cách chức Ủy viên Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016, 2016 - 2021.
Ban Bí thư yêu cầu cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về hành chính đối với nguyên Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường đồng bộ với xử lý kỷ luật về Đảng.
Trong quá trình công tác, đồng chí Nguyễn Hồng Trường giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải từ năm 2007 đến năm 2017. Trước năm 2007, ông làm Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Nghệ An. Tháng 4/2007, ông Nguyễn Hồng Trường được Thủ tướng Chính phủ lúc đó bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải. Ngày 1/8/2017, ông Nguyễn Hồng Trường được Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ký quyết định nghỉ hưu theo chế độ.