Theo đó, căn cứ Kết luận thanh tra số 3238/KL-TTCP ngày 29/12/2017 của Thanh tra Chính phủ về việc chấp hành chính sách pháp luật trong công tác quản lý, khai thác, chế biến khoáng sản trên địa bàn tỉnh Lào Cai, giai đoạn 2005-2015; căn cứ kết quả điều tra, xác minh, giải quyết tin báo tội phạm, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Lào Cai đã ra các quyết định Quyết định khởi tố vụ án hình sự số 44/QĐ-KTVA; Quyết định khởi tố bị can số 97/QĐ-KTBC đối với Nguyễn Mạnh Thừa (SN 1959, trú tại số nhà 44, Đại lộ Trần Hưng Đạo, tổ 8, phường Bắc Cường, TP. Lào Cai - Giám đốc Công ty TNHH Xây dựng thương mại Lilama) về tội Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên, quy định tại Điều 227, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Cơ quan chức năng cũng thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam số 08/LBTG, Lệnh khám xét chỗ ở và nơi làm việc của bị can Nguyễn Mạnh Thừa.
Công ty TNHH Xây dựng Thương mại Lilama là doanh nghiệp đã có nhiều sai phạm trong kết luận của Thanh tra Chính phủ số 3238/KL-TTCP ngày 29/12/2017 về việc chấp hành chính sách pháp luật trong công tác quản lý, khai thác, chế biến khoáng sản trên địa bàn tỉnh Lào Cai giai đoạn 2005-2015.
Cụ thể, theo kết quả kiểm tra của cơ quan chức năng tại dự án này, Công ty TNHH Xây dựng Thương mại Lilama đã tận thu, thu gom apatit trên diện tích đất dùng để xây dựng nhà hàng, khách sạn.