Quy chế này quy định nguyên tắc làm việc, chế độ trách nhiệm, quan hệ công tác, cách thức và quy trình giải quyết công việc của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Quy chế áp dụng đối với các vụ, cục, thanh tra, văn phòng (đơn vị thuộc Bộ); cán bộ, công chức, viên chức, người lao động các đơn vị thuộc Bộ và các tổ chức, cá nhân có liên quan.
Theo Quy chế, về nguyên tắc làm việc, Bộ Giáo dục và Đào tạo làm việc theo chế độ thủ trưởng, bảo đảm nguyên tắc tập trung dân chủ, đề cao trách nhiệm của người đứng đầu.
Mọi hoạt động của Bộ tuân thủ các quy định của Hiến pháp, pháp luật và Quy chế làm việc của Bộ. Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động các đơn vị thuộc Bộ giải quyết công việc bảo đảm đúng quy trình, thủ tục, phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn và thẩm quyền được giao.
Bộ trưởng điều hành hoạt động của đơn vị chủ yếu thông qua người đứng đầu đơn vị. Người đứng đầu đơn vị chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng và pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ của đơn vị và công việc được phân công.
Mỗi nhiệm vụ chỉ giao một đơn vị chủ trì giải quyết và chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng; trường hợp một nhiệm vụ có nội dung liên quan đến nhiều đơn vị thì đơn vị liên quan đến công việc chuyên môn nhiều nhất làm đầu mối chủ trì. Người đứng đầu đơn vị chịu trách nhiệm chính về chất lượng, tiến độ, kết quả xử lý công việc được phân công.
Mỗi nhiệm vụ của đơn vị có thể giao cho một hoặc một số công chức, viên chức, người lao động chịu trách nhiệm xử lý, trong đó phải xác định người đầu mối chịu trách nhiệm chính. Người được giao đầu mối xử lý công việc chịu trách nhiệm trước người đứng đầu đơn vị về chất lượng, tiến độ, kết quả công việc được giao.
Đối với đơn vị có cơ cấu phòng: mỗi nhiệm vụ của đơn vị chỉ giao một phòng chủ trì thực hiện; trường hợp một nhiệm vụ có nội dung liên quan đến nhiều phòng thì phòng liên quan đến công việc chuyên môn nhiều nhất làm đầu mối chủ trì. Trưởng phòng tổ chức thực hiện và chịu trách nhiệm trước người đứng đầu đơn vị về công việc được giao; công chức, viên chức, người lao động trong phòng thực hiện nhiệm vụ theo phân công của trưởng phòng và chịu trách nhiệm trước người đứng đầu đơn vị, trưởng phòng về kết quả công việc được giao.
Trình tự, thủ tục và thời hạn giải quyết công việc tuân thủ quy định của pháp luật, Quy chế làm việc của Bộ và theo chương trình, kế hoạch, trừ trường hợp đột xuất hoặc có yêu cầu khác của cấp có thẩm quyền.
Bảo đảm dân chủ, công khai, minh bạch, chất lượng, tiến độ và hiệu quả trong mọi hoạt động; thường xuyên thực hiện cải cách hành chính, đơn giản hoá các thủ tục hành chính; xây dựng môi trường làm việc chuyên nghiệp, văn minh, hiện đại; thực hiện nghiêm các quy định về văn hóa công vụ.