Theo quy chế, Hội đồng họp toàn thể định kỳ 6 tháng một lần, họp chuyên đề 3 tháng một lần, khi cần thiết có thể tổ chức họp đột xuất do Chủ tịch Hội đồng quyết định.
Các thành viên của Hội đồng làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, tham gia vào các hoạt động chung của Hội đồng, thực hiện nhiệm vụ và chịu trách nhiệm trước Chủ tịch Hội đồng về công tác được phân công.
Ý kiến tư vấn, đề xuất của Hội đồng được thảo luận tập thể và do Chủ tịch Hội đồng hoặc Phó Chủ tịch Hội đồng xem xét, quyết định.
Đối với chủ trương và chính sách quan trọng về lĩnh vực giáo dục và đào tạo, giáo dục nghề nghiệp và phát triển nhân lực, Chủ tịch Hội đồng hoặc Phó Chủ tịch Hội đồng quyết định mở rộng thành phần mời họp Hội đồng.
Đối với những đề án, chương trình trọng điểm, Hội đồng giao cơ quan thường trực của Hội đồng tổ chức lấy ý kiến các chuyên gia, nhà khoa học, doanh nhân, nhà báo, các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước trước khi đưa ra Hội đồng thảo luận.
Hội đồng tổ chức họp bằng các hình thức: Họp tập trung, họp trực tuyến, họp chuyên đề với các tiểu ban chuyên môn; lấy ý kiến của các thành viên Hội đồng bằng văn bản hoặc sử dụng các phương tiện truyền thông điện tử.
Hội đồng có 6 tiểu ban chuyên môn: Tiểu ban giáo dục mầm non, Tiểu ban giáo dục phổ thông, Tiểu ban giáo dục đại học, Tiểu ban giáo dục nghề nghiệp, Tiểu ban phát triển nhân lực, Tiểu ban giáo dục thường xuyên và học tập suốt đời...
