Bộ TN&MT là đơn vị thanh tra trách nhiệm việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao và thanh tra công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực của các đơn vị thuộc Bộ về lĩnh vực hành chính.
9 nội dung thanh tra chuyên ngành của Bộ còn lại, gồm:
Thanh tra việc chấp hành pháp luật về tài nguyên và môi trường đối với UBND cấp tỉnh, cấp huyện và một số tổ chức; Thanh tra việc chấp hành pháp luật về đất đai đối với một số tổ chức; Thanh tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường, trong đó tập trung đối với các cơ sở, dự án được Bộ cấp giấy phép môi trường; Thanh tra việc chấp hành pháp luật về khoáng sản đối với một số tổ chức, trong đó tập trung đối với tổ chức do Bộ cấp giấy phép khai thác khoáng sản; Thanh tra việc chấp hành pháp luật về tài nguyên nước đối với các tổ chức, trong đó tập trung đối với tổ chức do Bộ cấp giấy phép khai thác, sử dụng tài nguyên nước.
Thanh tra việc chấp hành pháp luật về đo đạc và bản đồ đối với các tổ chức được cấp giấy phép hoạt động đo đạc và bản đồ; Thanh tra việc chấp hành pháp luật về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo đối với các dự án được giao, sử dụng khu vực biển; Thanh tra việc chấp hành pháp luật về khí tượng thủy văn đối với các tổ chức phải thực hiện quan trắc khí tượng thủy văn; Thực hiện việc thanh tra đột xuất theo quy định của pháp luật.
Mục đích, quá trình thanh tra nhằm kịp thời phát hiện, chấn chỉnh những yếu kém, thiếu sót trong quản lý Nhà nước; có biện pháp xử lý nghiêm minh, đúng pháp luật đối với tập thể, cá nhân vi phạm pháp luật, tham nhũng, tiêu cực; kiến nghị hoàn thiện chính sách, pháp luật còn bất cập, sơ hở.
Nhằm đẩy mạnh công tác lãnh đạo, chỉ đạo, chất lượng, tiến độ, hiệu quả công tác thanh tra; giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra, trọng tâm là tổ chức thực hiện các quy định của pháp luật về thực hiện kết luận thanh tra, nhất là tăng tỷ lệ thu hồi tiền và tài sản do vi phạm, tham nhũng, tiêu cực.
