Các cơ sở giáo dục đại học và các viện nghiên cứu của Việt Nam có tên trong top 10 của Bảng xếp hạng này bao gồm: Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; Trường Đại học Phenikaa; Trường Đại học Duy Tân; Trường Đại học Bách khoa Hà Nội, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Trung tâm quốc tế Khoa học và giáo dục liên ngành, Trường Đại học Tôn Đức Thắng, Đại học Quốc gia Hà Nội; Trung tâm nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford (tại Việt Nam); Trung tâm Nghiên cứu Vật liệu cấu trúc Nano và phân tử (thuộc Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh).
Bảng xếp hạng Nature Index công bố mỗi năm phản ánh về quy mô công bố và mức độ sự hợp tác nghiên cứu chất lượng cao ở cấp cơ sở giáo dục đại học/nghiên cứu, cấp quốc gia và khu vực. Nature Index chọn lọc ra 82 tạp chí hàng đầu thế giới từ hàng chục nghìn tạp chí quốc tế uy tín như: Nature, Cell, Science, Nano Letters, Geophysical Research Letters, Journal of The American Chemical Society, Macromolecules… để đưa vào đánh giá xếp hạng, thuộc các lĩnh vực khoa học tự nhiên, sự sống và khoa học trái đất.
Kết quả xếp hạng Nature Index về công bố của quốc gia, tổ chức nghiên cứu và các cơ sở giáo dục đại học được tính bằng hai tiêu chí:
Số bài viết (Article Count, AC): Được tính cho quốc gia hoặc tổ chức nghiên cứu nếu bài báo đó do một hoặc nhiều tác giả đến từ quốc gia đó hoặc tổ chức đó thực hiện, bất kể có bao nhiêu đồng tác giả đến từ bên ngoài tổ chức hoặc quốc gia đó.
Tỷ lệ công bố (Fractional Count, FC): Là tỷ lệ phần trăm tính theo công thức số tác giả của cơ sở giáo dục đại học (hoặc quốc gia) và số cơ sở giáo dục đại học chủ quản của các tác giả đó trên một bài viết. Để tính toán FC, tất cả các tác giả được coi là đóng góp như nhau cho một bài viết. Mỗi bài viết có chỉ số FC kết hợp tối đa là 1.0.
Lần đầu tiên lọt vào top 10 trong Bảng xếp hạng Nature Index 2019, đại diện Trường Đại học Phenikaa, PGS.TS Phạm Thành Huy – Hiệu trưởng nhà trường – cho biết: Nature Index thực chất là một cơ sở dữ liệu địa chỉ công tác của các tác giả công bố nghiên cứu khoa học trên các tạp chí chất lượng cao. Từ cơ sở dữ liệu này, người sử dụng có thể trích xuất ra được các bảng xếp hạng "sản lượng công bố" nghiên cứu khoa học cho từng khu vực hoặc quốc gia, cũng như danh sách các mối liên kết khoa học của một quốc gia hoặc trường/viện với các quốc gia và các trường viện/khác