Sau khi về đích ở nội dung 3 môn phối hợp, Việt Nam đã gửi đơn tố cáo lên Ban tổ chức SEA Games về việc Malaysia gian lận. Cụ thể, các vận động viên Malaysia đã đi đường tắt để về đích, thay vì đi đúng đường quy định của Ban tổ chức.
Theo quy định, các đội khiếu nại về cuộc thi sẽ phải gửi đơn và nộp số tiền 100 USD để Ban tổ chức xác minh vụ việc, đảm bảo tính công bằng cho cuộc thi.
Sau khi xác minh, Ban tổ chức xác định đơn kiện của đội Việt Nam là chính xác. Điều đó đồng nghĩa rằng kết quả của đội Malaysia sẽ không được công nhận. Sau khi khiếu nại thành công, đội Việt Nam đã được Ban tổ chức trả lại 100 USD.
Với việc kết quả của đội Malaysia bị hủy, đội Việt Nam đã được đẩy từ vị trí thứ 5 lên xếp thứ 4 chung cuộc. Ở môn này, đội chủ nhà Philippines đã giành huy chương vàng với thời gian 1 giờ 33 phút 47 giây. Huy chương bạc thuộc về Singapore và huy chương đồng thuộc về Indonesia.
Đội Việt Nam thi 3 môn phối hợp gồm các vận động viên Lâm Quang Nhật, Phạm Thúy Vi, Nguyễn Thị Kim Tuyến, Lê Hoàng Vũ. Mỗi vận động viên thi đấu bơi 300 mét, đạp xe 6,6 km và chạy bộ 1,8 km. Sau đó, Ban tổ chức sẽ tính tổng thời gian của ba vận động viên để xếp hạng. Đội Việt Nam kết thúc với tổng thời gian 1 giờ 43 phút 51 giây.
