Theo kết luận từ kỳ họp 39, Ban Thường vụ Đảng ủy Petrolimex đã thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát, để Tập đoàn có nhiều vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong công tác cán bộ; trong quản lý, sử dụng, bảo toàn và phát triển vốn, tài sản; hoạt động kinh doanh xăng dầu; cổ phần hóa, tái cơ cấu, thoái vốn Nhà nước và thực hiện một số dự án đầu tư xây dựng, gây hậu quả nghiêm trọng, thiệt hại lớn tiền và tài sản của Nhà nước.
Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm; căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật tổ chức Đảng và đảng viên, UBKT Trung ương đề nghị Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật ông Bùi Ngọc Bảo, nguyên Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy Khối Doanh nghiệp Trung ương, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Chủ tịch HĐQT, nguyên Tổng Giám đốc Tập đoàn; đề nghị Ban Thường vụ Đảng ủy Khối Doanh nghiệp Trung ương thi hành kỷ luật Ban Thường vụ Đảng ủy Petrolimex nhiệm kỳ 2010 - 2015.
UBKT Trung ương quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng đối với ông Nguyễn Quang Tuấn, nguyên Đảng ủy viên, nguyên Bí thư Chi bộ, nguyên Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty Petrolimex Singapore; cảnh cáo đối với ông Trần Văn Thịnh, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, nguyên Ủy viên HĐQT, nguyên Tổng Giám đốc; khiển trách đối với ông Trần Minh Hải, Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy và ông Nguyễn Thanh Sơn, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy, Ủy viên HĐQT, Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn.
Ông Bùi Ngọc Bảo, nguyên Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy Khối Doanh nghiệp Trung ương, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Chủ tịch HĐQT, nguyên Tổng Giám đốc chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn.
Các ông: Trần Văn Thịnh, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, nguyên Ủy viên HĐQT, nguyên Tổng Giám đốc; Trần Minh Hải, Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy; Nguyễn Thanh Sơn, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy, Ủy viên HĐQT, Nguyễn Quang Tuấn, nguyên Đảng ủy viên, nguyên Bí thư Chi bộ, nguyên Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty Petrolimex Singapore cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn và trách nhiệm cá nhân trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.