Đối tượng dự thi tuyển bổ sung vào lớp chuyên là học sinh đang học tại các trường THPT trong thành phố; có kết quả xếp loại cuối mỗi học kỳ đã học của cấp THPT đạt hạnh kiểm xếp loại tốt, học lực xếp loại giỏi, điểm trung bình môn dự thi chuyên đạt từ 8,0 trở lên.
Sở yêu cầu các trường xây dựng kế hoạch tuyển bổ sung học sinh các lớp chuyên và gửi về Sở vào tháng 7 và tháng 12 hàng năm. Việc tuyển bổ sung học sinh chuyên được thực hiện vào tháng 8 và tháng 1 hàng năm theo lịch thống nhất của Sở GD&ĐT.
Tất cả học sinh khối 12 của các lớp chuyên đều phải tham gia kỳ thi học sinh giỏi lớp 12 do Sở GD&ĐT tổ chức vào tháng 3 hàng năm theo đúng môn chuyên đang học.
Sau khi kế hoạch tuyển bổ sung được Sở GDĐT duyệt, nhà trường tổ chức thông báo rộng rãi việc tuyển bổ sung, chỉ tiêu tuyển bổ sung của mỗi lớp, nội dung và chương trình thi, thời hạn đăng ký dự thi.
Hết thời hạn đăng ký, nhà trường thông báo chính thức số lượng các lớp chuyên và số học sinh sẽ tuyển bổ sung, thời gian tổ chức thi.
Khi dự thi, học sinh chỉ làm 1 bài thi môn chuyên, thời gian làm bài là 150 phút cho tất cả các môn.
Chậm nhất là 2 tuần trước ngày tổ chức thi, nhà trường gửi nội dung chương trình thi và 2 đề thi đề nghị (gửi theo chế độ mật) về Sở GD&ĐT. Sở GD&ĐT sẽ thẩm định nội dung chương trình thi và gửi đề thi chính thức về trường (theo chế độ mật) trước ngày thi.
Các trường tiến hành tổ chức thi và chấm thi theo các quy định hiện hành. Sau khi tổ chức thi và phúc khảo, các trường gửi hồ sơ tuyển sinh bổ sung (các quyết định, biên bản tổ chức coi thi, chấm thi và các bài thi, danh sách học sinh đề xuất tuyển bổ sung) về Sở GD&ĐT để được thẩm định và phê duyệt.
Sở GD&ĐT Thành phố Hồ Chí Minh cũng yêu cầu các trường THPT chuyên và trường THPT có lớp chuyên gửi kế hoạch dạy và học chuyên của năm học mới về gồm các nội dung:
Số lượng lớp chuyên, sĩ số mỗi lớp, danh sách lớp; danh sách phân công giáo viên giảng dạy môn chuyên các lớp chuyên; kế hoạch giảng dạy, phân phối chương trình, giáo trình giảng dạy; kế hoạch tổ chức nghiên cứu khoa học của các lớp chuyên; đề kiểm tra học kỳ I và học kỳ II các lớp chuyên của năm học trước.
Lưu ý: Số lượng lớp chuyên và số học sinh trong các lớp chuyên của các trường THPT chuyên và trường THPT có lớp chuyên thực hiện theo chỉ tiêu do Sở GD&ĐT giao ở đầu cấp học.