Tuy nhiên, cùng với sự phát triển, tự chủ ĐH đã bộc lộ những hạn chế do thiếu sự đồng bộ của các quy định pháp luật về GDĐH.
Phát triển nhờ tự chủ
Nghị quyết số 77/NQ-CP ngày 24/10/2014 của Chính phủ về thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với cơ sở giáo dục đại học công lập giai đoạn 2014 - 2017 tạo động lực quan trọng trong việc nâng cao quyền tự chủ, gắn với tự chịu trách nhiệm trong khai thác các nguồn lực. Điều này khẳng định giao tự chủ cho các trường ĐH là cần thiết, tạo điều kiện cho các trường chủ động trong hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học, quản trị nhà trường.
Thành lập từ năm 2003, Trường ĐH Quốc tế - ĐH Quốc gia TPHCM (IU-VNU) hoạt động theo mô hình tự chủ tài chính từ năm 2007. Hiện, IU-VNU trở thành một trong những trường đại học có uy tín trong hệ thống giáo dục đại học Việt Nam với 12 chương trình đào tạo (CTĐT) đạt chuẩn kiểm định AUN-QA và 2 CTĐT đạt chuẩn kiểm định ABET của Hoa Kỳ. Trường ĐH Quốc tế là cơ sở GDĐH thứ ba của Việt Nam đạt chuẩn kiểm định AUN-QA cấp cơ sở. Ngoài ra, năm 2016, HCMIU cũng là trường đầu tiên tại khu vực phía Nam được Bộ GD&ĐT trao chứng chỉ MOET về chất lượng đào tạo.
Theo TS Trần Tiến Khoa - Hiệu trưởng IU-VNU, thực hiện tự chủ ĐH, nhà trường luôn chủ động tự đánh giá và cải tiến CTĐT của các ngành học theo hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong định kỳ hằng năm. Việc tham gia đánh giá theo AUN-QA hoặc các chuẩn uy tín khác là cơ hội để trường cải tiến chất lượng từ góc nhìn bên ngoài, chuyên gia. Ngoài ra, các CTĐT được đánh giá/kiểm định giúp SV tốt nghiệp có nhiều cơ hội việc làm tốt hơn, được chuyển tiếp, liên thông trong và ngoài nước.
Từ năm 2008, Trường ĐH Tôn Đức Thắng (TDTU) chuyển sang hình thức công lập thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, nhưng TDTU vẫn tiếp tục tự chủ tài chính hoàn toàn, không nhận chi thường xuyên và chi đầu tư từ ngân sách Nhà nước. Đến nay, TDTU là một trong hình mẫu điển hình của cả nước về đại học công lập tự chủ hoàn toàn với những thành quả xuất sắc:
Được QS xếp hạng TOP 291-300 trong hơn 500 đại học tốt nhất châu Á; URAP (Tổ chức xếp hạng đại học theo thành tựu học thuật) xếp TDTU đứng thứ 2 Việt Nam và đứng thứ 1.422 thế giới; Green Metric xếp TDTU hạng 142 trong TOP 750 đại học phát triển bền vững nhất thế giới; THE xếp TDTU trong TOP 101-200 đại học thế giới có ảnh hưởng nhất đến sự phát triển kinh tế - xã hội bền vững.
Sau hơn 3 năm thí điểm tự chủ đến nay, Trường ĐH Sư phạm Kỹ thuật TPHCM (HCMUTE) cũng đã tự chủ 100% và phát triển mạnh. Một điểm đáng chú ý là trong khoảng thời gian hoạt động theo mô hình tự chủ HCMUTE đã có 14 CTĐT đạt chuẩn kiểm định AUN-QA.
Tháo gỡ rào cản
Tại tọa đàm khoa học "Đổi mới tư duy quản lý Nhà nước với giáo dục ĐH Việt Nam" vừa diễn ra, nhiều nhà nghiên cứu/ chuyên gia đã dành nhiều sự quan tâm đến chủ trương tự chủ ĐH.
Trong đó có một số ý kiến đề cập về những vướng mắc cần được tháo gỡ để GDĐH phát triển tốt hơn như không nên coi tự chủ ĐH chỉ là hoặc chủ yếu là tự chủ về tài chính; Đồng thời, thực hiện tự chủ ĐH không có nghĩa là Nhà nước sẽ không tiếp tục đầu tư để phát triển GDĐH, mà là đầu tư có trọng điểm theo phương thức khác, không bao cấp tràn lan. Ngoài ra, không nên lấy mức độ tự túc về kinh phí của các trường làm điều kiện để quyết định mức độ được tự chủ cho trường đó.
Liên quan đến các quy định, một số ý kiến cho rằng, nên có chỉ thị về việc thực hiện tự chủ ĐH, trong đó quy định, hướng dẫn phương thức lãnh đạo của Đảng ủy trong các trường ĐH tự chủ; tăng cường quản lý Nhà nước theo chức năng thay cho quản lý theo cơ chế chủ quản, trước mắt có thể thí điểm việc xóa bỏ cơ chế chủ quản cho các trường đang thực hiện tự chủ hiện nay.
Theo chia sẻ của đại diện Hiệp hội Các trường ĐH, CĐ Việt Nam, chúng ta phân chia trường công lập và ngoài công lập trên nguyên tắc duy nhất là sở hữu. Nhưng khi trao quyền tự chủ cho các trường công lập, nên cho phép họ có quyền thu hút thêm đầu tư ngoài ngân sách Nhà nước, từ trong nước và nước ngoài để nâng cao năng lực đào tạo và nghiên cứu. Từ đó sẽ hình thành mô hình trường đại học đa sở hữu.
PGS.TS Phan Thị Bích Nguyệt (Chủ tịch Hội đồng tư vấn Trường ĐH Kinh tế TPHCM) cho rằng: Để tự chủ trong các trường đại học thể hiện đúng thực chất cần giải quyết hài hòa các vấn đề có liên quan và đặc biệt là mối quan hệ giữa quyết định chi ngân sách đầu tư cho giáo dục, mức học phí và cơ chế tạo nguồn thu.
Từ thực tiễn tự chủ của TDTU, GS.TS Lê Vinh Danh - Hiệu trưởng nhà trường cho biết: Xuất phát điểm là đại học dân lập nên ngay từ đầu nhà trường bắt buộc phải tự lo cho mình mọi thứ (kinh phí từ đầu tư xây dựng cơ bản đến phát triển nhân sự...).
"Cùng với quan điểm xây dựng theo chuẩn đại học đẳng cấp quốc tế và tư duy quản trị đại học lấy hiệu quả làm thước đo quan trọng nhất đã giúp TDTU phát triển nhanh chóng và sớm trở thành khác biệt so với các đại học khác trong hệ thống đại học công lập Việt Nam.
Tuy nhiên, trong quá trình hoạt động theo mô hình tự chủ ĐH, nhà trường cũng vấp phải muôn vàn khó khăn từ các quy định của Đảng và Nhà nước. Có những vấn đề áp dụng theo Nghị quyết 29, Luật GDĐH… thì đúng nhưng theo một số luật, Nghị định khác lại chưa ổn. Hệ lụy là nhà trường phải tiếp rất nhiều đoàn thanh tra, kiểm tra" - Hiệu trưởng TDTU chia sẻ.