Các bị can cùng bị truy tố với ông Hiến về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây thất thoát lãng phí gồm: Nguyễn Thị Nở (SN 1964, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính); Mai Hắc Lợi (SN 1962, nguyên Phó Giám đốc Sở Tư pháp); Nguyễn Ngọc Duy (SN 1976, nguyên Phó Cục trưởng Cục thuế) và Ngô Quang Phú (SN 1980, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài nguyên - Môi trường).
Theo hồ sơ vụ án, trong 2 năm 2016-2017, tỉnh Phú Yên triển khai thực hiện Dự án Khu đô thị Nam Tuy Hòa. Với tư cách là Phó Chủ tịch Thường trực UBND tỉnh Phú Yên, Chủ tịch Hội đồng đấu giá quyền sử dụng đất tại khu dân cư nêu trên, ông Nguyễn Chí Hiến trực tiếp chỉ đạo, tổ chức thực hiện và phê duyệt giá đất để bán đấu giá quyền sử dụng 262 lô đất nhà ở liền kề với mức giá khởi điểm gần 161 tỷ đồng.
Theo đó, mỗi lô đất hơn 128m² được duyệt giá 614 triệu đồng, nhưng lại bán đấu giá sỉ mà không bán đấu giá riêng lẻ cho hàng ngàn người dân địa phương có nhu cầu xây dựng nhà ở như mục tiêu đầu tư dự án Khu đô thị Nam Tuy Hòa.
Phương án đấu giá không tuân thủ các quy định của Luật Đầu tư, Luật Nhà ở, các ứng viên tham gia không có đủ điều kiện đấu giá, nhưng UBND tỉnh Phú Yên vẫn phê duyệt và bãi bỏ quy định về điều kiện, năng lực tài chính của người tham gia đấu giá.
Kết thúc phiên đấu giá tháng 6/2017, UBND tỉnh Phú Yên ra quyết định công nhận kết quả trúng đấu giá quyền sử dụng 262 lô đất liền kề tại Khu đô thị Nam Tuy Hòa với tổng số tiền gần 162,5 tỷ đồng là bà Ngô Thị Điều (SN 1964, trú phường Lê Lợi, TP. Quy Nhơn, tỉnh Bình Định), cao hơn mức khởi điểm 1,6 tỷ đồng.
Bà Ngô Thị Điều còn được giảm giá hơn 8 tỷ đồng theo Quyết định số 872/QĐ- ngày 28/4/2017 của UBND tỉnh Phú Yên về chính sách hỗ trợ 5% trên tổng giá trị mỗi khu đất, nên chỉ nộp gần 154,5 tỷ đồng. Theo đó, giá bán bình quân mỗi lô đất chỉ gần 590 triệu đồng, thấp hơn so với mức khởi điểm bình quân gần 6,5 tỷ đồng. Sau khi nộp tiền vào ngày 12/9/2017, bà Điều đã thông qua một số doanh nghiệp môi giới bất động sản để bán lại mỗi lô đất 1,1 đến 1,3 tỷ đồng.
