Ngày 22/04/2016, Sở GD&ĐT Thành phố Hà Nội đã ban hành quyết định số 1833/QĐ-SGD&ĐT về việc cho phép trường Trung học Phổ thông Khoa học Giáo dục hoạt động giáo dục trên địa bàn thành phố Hà Nội và quyết định số 1841/QĐ-SGD&ĐT về việc giao chỉ tiêu kế hoạch tuyển sinh vào lớp 10 năm học 2016-2017 cho Trường Trung học phổ thông Khoa học Giáo dục.
Theo đó, trường Trung học Phổ thông Khoa học Giáo dục được giao chỉ tiêu kế hoạch tuyển sinh lớp 10 năm học 2016-2017. Trường được đặt tại phố Kiều Mai, phường Phúc Diễn, quận Bắc Từ Liêm, Hà Nội.
Trường THPT Khoa học Giáo dục là trường Công lập - Thực hành - chất lượng cao trực thuộc Trường Đại học Giáo dục – ĐHQGHN được thành lập từ tháng 03/2016 theo quyết định của Ủy ban Nhân dân Thành phố Hà Nội.
Trường là cơ sở giáo dục và đào tạo công lập trong hệ thống giáo dục quốc dân và trong hệ thống trường phổ thông của TP Hà Nội; được sử dụng con dấu riêng. Trường chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp toàn diện của Trường Đại học Giáo dục, Đại học Quốc gia Hà nội; chịu sự chỉ đạo về chuyên môn nghiệp vụ của Sở Giáo dục Hà Nội.
