Theo Sở GD&ĐT TPHCM, sau khi sáp nhập với Bình Dương và Bà Rịa - Vũng Tàu sẽ có 5 trường THPT chuyên, gồm:
Trường THPT chuyên Lê Hồng Phong (thuộc sự quản lý của Sở GD&ĐT TPHCM cũ); Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa (thuộc sự quản lý của Sở GD&ĐT TPHCM cũ); Trường Phổ thông Năng khiếu trực thuộc Đại học Quốc gia TPHCM;
Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn (thuộc Sở GD&ĐT tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu cũ); Trường THPT chuyên Hùng Vương (thuộc Sở GD&ĐT tỉnh Bình Dương cũ).
Trong đó, 3 trường chuyên tuyển sinh trên cả nước, bao gồm: THPT chuyên Lê Hồng Phong, THPT chuyên Trần Đại Nghĩa và Trường Phổ thông Năng khiếu.
Năm học 2025-2026, chỉ tiêu tuyển sinh của 5 trường chuyên như sau: Trường chuyên Lê Hồng Phong tuyển 805 học sinh; Trường chuyên Trần Đại Nghĩa tuyển 525 học sinh; Trường phổ thông Năng khiếu tuyển 595 học sinh; Trường chuyên Hùng Vương tuyển 385 học sinh; Trường chuyên Lê Quý Đôn tuyển 455 học sinh.
Theo Sở GD&ĐT TPHCM, trước mắt các trường chuyên vẫn hoạt động ổn định trong năm học 2025-2026.
Sau sáp nhập, TPHCM không chỉ trở thành siêu đô thị về quy mô diện tích địa lý, tiềm lực phát triển kinh tế mà còn là đô thị lớn nhất cả nước về quy mô giáo dục. Ước tính thành phố sẽ có khoảng 2,6 triệu học sinh, với hơn 3.500 cơ sở giáo dục từ mầm non đến phổ thông. Về số lượng giáo viên, TPHCM mới sẽ có hơn 110.000 giáo viên.
