Hội nghị đã ghi nhận những kết quả quan trọng đạt được trong triển khai cả bốn trụ cột hợp tác của Chiến lược Tokyo 2015 bao gồm phát triển hạ tầng công nghiệp; phát triển các ngành công nghiệp và chuỗi giá trị khu vực, phát triển nguồn nhân lực; phát triển bền vững vì một tiểu vùng Mekong Xanh; và tăng cường phối hợp với các cơ chế hợp tác tiểu vùng Mekong khác.
Các nước Mekong đánh giá cao sự hỗ trợ của Nhật Bản dành cho khu vực tiểu Vùng. Đặc biệt, để thực hiện thành công chiến lược nói trên, các nhà Lãnh đạo đánh giá cao việc Hội nghị Bộ trưởng Ngoại giao và Hội nghị Bộ trưởng Kinh tế đã thông qua được “Kế hoạch hành động nhằm hiện thực hóa Chiến lược Tokyo” và “Tầm nhìn phát triển công nghiệp Mekong”. Sau một năm triển khai các Kế hoạch và Tầm nhìn trên, Nhật Bản đã cam kết tài trợ hơn một phần ba số tiền đã được công bố 750 tỷ yên dành cho ba năm (2016-2018).
Về phương hướng hợp tác thời gian tới, các nhà Lãnh đạo nhất trí: (i) Tăng cường hợp tác Mekong – Nhật Bản vì sự phát triển bền vững, toàn diện và cân bằng của khu vực Mekong; (ii) Thúc đẩy vấn đề an ninh con người và phát triển Mekong Xanh. Các nhà Lãnh đạo cũng tái khẳng định tầm quan trọng sống còn của việc quản lý và phát triển bền vững nguồn nước sông Mekong và hoan nghênh việc Thủ tướng Nhật Bản bày tỏ Nhật Bản sẵn sàng đóng góp nhiều hơn nữa trong việc bảo vệ môi trường sông Mekong, cam kết tăng cường hợp tác và hỗ trợ Uỷ hội sông Mekong thực hiện các dự án phòng chống hạn hán và lũ lụt.
Phát biểu tại Hội nghị, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đánh giá cao những thành tựu đã đạt được trong triển khai “Chiến lược Tokyo 2015” và Sáng kiến “Kết nối Mekong – Nhật Bản”.
Thủ tướng cũng nhấn mạnh sự cần thiết ưu tiên thúc đẩy thực hiện các nội dung quan trọng của hợp tác Mekong - Nhật Bản, đồng thời đề nghị Chính phủ Nhật Bản hỗ trợ các nước Mekong xây dựng các tuyến đường mới dọc theo các hành lang kinh tế, đặc biệt là tuyến đường cao tốc Vientiane – Hà Nội. Đây sẽ là tuyến đường thương mại quan trọng gắn kết không chỉ thủ đô hai nước thành viên Việt Nam – Lào, mà còn tạo nên một hành lang kết nối mới. Thủ tướng cũng đề nghị Chính phủ Nhật Bản tiếp tục chia sẻ kinh nghiệm, chuyển giao công nghệ giúp các nước Mekong phát triển nền nông nghiệp xanh, thông minh, có khả năng thích ứng với biến đổi khí hậu.
Chia sẻ quan điểm cùng với các nhà Lãnh đạo về Tuyên bố chung Hội nghị Cấp cao hợp tác Mekong - Nhật Bản lần thứ 8, đặc biệt là để phát triển bền vững, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc nhấn mạnh các quốc gia cần một môi trường hòa bình, ổn định và hợp tác. Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cũng bày tỏ lo ngại sâu sắc về những diễn biến gần đây tại Biển Đông, nhấn mạnh các bên cần kiềm chế, không có các hành động đơn phương làm phức tạp thêm tình hình, nỗ lực giảm căng thẳng và ngăn ngừa nguy cơ đụng độ trên biển, tôn trọng các tiến trình pháp lý và ngoại giao, giải quyết các tranh chấp bằng biện pháp hoà bình, trên cơ sở Hiến chương Liên Hợp Quốc và luật pháp quốc tế, đặc biệt là Công ước Liên Hợp Quốc về Luật Biển năm 1982 (UNCLOS), thực hiện nghiêm túc Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC) và thúc đẩy xây dựng Bộ quy tắc về ứng xử ở Biển Đông (COC).
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định Việt Nam coi trọng và cam kết tiếp tục nỗ lực đóng góp thúc đẩy hợp tác Mekong - Nhật Bản vì sự phát triển bền vững, hòa bình, ổn định và thịnh vượng của khu vực.
Hội nghị đã ra Tuyên bố chung và nhất trí sẽ tổ chức Hội nghị Cấp cao Mekong - Nhật Bản lần thứ 9 năm 2017 tại Philippines.