Cụ thể, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu UBND tỉnh Quảng Trị thống nhất với Bộ Giao thông vận tải về quy mô và công năng của bến cảng Mỹ Thủy trước khi quyết định đầu tư Dự án đầu tư xây dựng bến cảng Mỹ Thủy, đảm bảo việc đầu tư Dự án hoàn toàn phù hợp với Quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định 1037/QĐ-TTg ngày 24/6/2014.
Theo Quyết định 1037/QĐ-TTg ngày 24/6/2014 phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030, Quy hoạch đặt ra mục tiêu phát triển hệ thống cảng biển theo một quy hoạch tổng thể và thống nhất trên quy mô cả nước nhằm đáp ứng yêu cầu công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước; tạo cơ sở vật chất kỹ thuật để nhanh chóng đưa nước ta hội nhập và đủ sức cạnh tranh trong hoạt động cảng biển với các nước trong khu vực và trên thế giới, khẳng định vị trí và ưu thế về kinh tế biển, đồng thời góp phần bảo đảm quốc phòng, an ninh của đất nước. Hình thành những đầu mối giao lưu kinh tế quan trọng với quốc tế làm động lực phát triển các khu kinh tế, đô thị - công nghiệp ven biển.
Quy hoạch đưa ra mục tiêu cụ thể bảo đảm thông qua toàn bộ lượng hàng xuất nhập khẩu và giao lưu giữa các vùng, miền trong nước bằng đường biển đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước với năng lực theo quy hoạch của hệ thống cảng biển tại các thời điểm quy hoạch.
Cụ thể, khoảng từ 400 đến 410 triệu tấn/năm (trong đó hàng tổng hợp, container từ 275 đến 280 triệu tấn/năm) vào năm 2015; khoảng từ 640 đến 680 triệu tấn/năm (trong đó hàng tổng hợp, container từ 375 đến 400 triệu tấn/năm) vào năm 2020; khoảng từ 1.040 đến 1.160 triệu tấn/năm (trong đó hàng tổng hợp, container từ 630 đến 715 triệu tấn/năm) vào năm 2030.
