Theo kết luận của Thanh tra, Bộ Công Thương còn thiếu trách nhiệm trong kiểm tra, giám sát kết quả báo cáo quản lý tạm nhập, tái xuất theo quy định; chưa kiên quyết trong kiểm tra, xử lý việc địa phương ban hành văn bản không đúng với quy định tại thông tư do Bộ Công Thương ban hành, còn để vi phạm quy định của pháp luật.
Cụ thể là việc ban hành Thông tư 05/2013/TT-BCT và Thông tư 05/2014/TT-BCT của Bộ Công Thương quy định công tác báo cáo còn chưa chặt chẽ, chưa phân định rõ vai trò, trách nhiệm đơn vị chủ trì quản lý, cơ chế phối hợp với đơn vị tham gia quản lý nhà nước về tạm nhập tái xuất.
Ngoài ra, Bộ Công Thương còn chưa kịp thời kiến nghị cấp có thẩm quyền tăng mạnh chế tài vi phạm hành chính trong lĩnh vực kinh doanh tạm nhập tái xuất nói chung và việc thu hồi mã số kinh doanh nói riêng theo các mức độ, hình thức vi phạm nhằm phù hợp với thực tiễn, đảm bảo hiệu lực quản lý nhà nước.
