Từ ngày 1/1/2014, khi hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn nghỉ hưu, trường vẫn chưa có hiệu trưởng. Việc quản lý và điều hành hoạt động của nhà trường được Chủ tịch UBND tỉnh giao cho ông Lê Văn Vinh, Phó hiệu trưởng trường phụ trách.
Xuất phát từ vai trò quan trọng của Trường THPT chuyên Lam Sơn là nơi đào tạo nhân tài cho Thanh Hoá nói riêng và cả nước nói chung, lần đầu tiên Thanh Hóa đã có bước đột phá khi xây dựng Đề án tổ chức thi chức danh hiệu trưởng của trường này.
Các tiêu chí, điều kiện, tiêu chuẩn và hình thức thi tuyển chức danh hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn đã được thông báo rộng rãi trên các phương tiện thông tin đại chúng và thời gian dự kiến thi từ ngày 10 - 15/10/2014.
Tuy nhiên, sau khi hết thời gian nhận hồ sơ, chỉ có một ứng viên duy nhất nộp hồ sơ dự tuyển là ông Chu Anh Tuấn - Hiệu trưởng trường THPT Quảng Xương 1.
Trước tình hình trên, Sở GD&ĐT Thanh Hóa đã có báo cáo xin ý kiến chỉ đạo của UBND tỉnh. Ngày 6/10, Sở Nội vụ Thanh Hóa cũng đã có công văn về việc đề xuất phương án chọn hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn. Theo đó, Sở Nội vụ đã đề nghị Chủ tịch UBND tỉnh cho tạm dừng việc thi tuyển chức danh hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn vì số lượng người nộp hồ sơ dự tuyển chỉ có một người.
Đồng thời, Sở Nội vụ cũng đề xuất hai phương án chọn hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn là: Chọn một Phó Giám đốc Sở GD&ĐT kiêm Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn cho đến khi bổ nhiệm được chức danh Hiệu trưởng nhà trường; Chọn một lãnh đạo cấp phòng chuyên môn ở Sở GD&ĐT có năng lực, sức khỏe và kinh nghiệm đã trực tiếp giảng dạy tại trường THPT chuyên Lam Sơn, có học sinh giỏi cấp quốc gia, để bổ nhiệm hiệu trưởng hoặc Phó hiệu trưởng phụ trách nhà trường.
Tuy nhiên, đến nay việc lựa chọn phương án nào vẫn chưa có quyết định, bởi việc đề xuất các phương án trên của Sở Nội vụ chưa được trao đổi với Sở GD&ĐT Thanh Hóa.