Bảo tàng Cội Nguồn - Phú Quốc là bảo tàng tư nhân đầu tiên ở ĐBSCL. Cuối tháng 4/2009, bảo tàng Cội Nguồn đã được đầu tư xây dựng và trở thành một điểm đến ý nghĩa cho du khách trải qua kỳ nghỉ ở Phú Quốc.
Hiện tại bảo tàng Cội Nguồn nằm trên đường Trần Hưng Đạo, thuộc khu phố 7, thị trấn Dương Đông (huyện Phú Quốc, Kiên Giang).
Bảo tàng Cội Nguồn trưng bày hơn 2.000 hiện vật, trong đó có hơn 1.100 cổ vật đã được hội đồng thẩm định cổ vật của Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch tỉnh Kiên Giang xác định.
Bảo tàng có diện tích khoảng 60.000m2, bao gồm tòa nhà cao 5 tầng, mỗi tầng thể hiện một giai đoạn phát triển của đảo Phú Quốc. Từ điều kiện tự nhiên và hình thành đến sự phát triển qua thời gian cho đến thời điểm hiện tại của vùng đảo này.
Tầng trệt, nơi trưng bày các hiện vật mang ý nghĩa làm nền, như: đá, gỗ, cát, san hô, xương cá voi, rùa… Tuy nhiên, điểm đáng lưu ý là những khối đá, khối gỗ được trưng bày có hoa văn thật đẹp, nhất là các khối gỗ hóa thạch tuyệt đẹp, hiếm có…
Ở tầng 1, 2, 3, nơi trưng bày các loại gỗ tự nhiên, các hiện vật trong chiếc tàu cổ đắm ở bờ Đông đảo từ thế kỷ 15 -17; bộ rìu đá, vật dụng bằng đồng, tiền cổ và đặc biệt là gian trưng bày những dấu tích của người Việt đến đảo Phú Quốc sinh sống, mở cõi...
Tại đây, du khách còn tận mắt xem dấu chân của nhà Nguyễn đặt chân trên đến đảo Phú Quốc được bảo tàng Cội Nguồn phục dựng.
Ở tầng 4, du khách thưởng thức những bộ sưu tập về ngành nghề ở địa phương hay bộ sưu tập sống động về giống chó xoáy của Phú Quốc, chim ó biển, đại bàng của vùng biển Phú Quốc sẽ để lại ấn tượng khá sâu sắc tới bất kỳ du khách nào.
Tại bảo tàng có nhiều thông tin ngắn gọn, hữu ích được in bằng hai thứ tiếng Việt - Anh trên các bảng thông tin ở các tầng trưng bày hiện vật cung cấp thêm cho khách tham quan những kiến thức về lịch sử hình thành văn hóa, sản vật Phú Quốc; chế độ phong kiến nhà Nguyễn, vai trò họ Mạc với Phú Quốc; Phú Quốc dưới ánh sáng của Đảng, nhà tù Phú Quốc... thu hút sự quan tâm của không ít du khách trong và ngoài nước.
Bảo tàng Cội Nguồn đang hoạt động theo Luật Di sản Văn hóa, quy chế tổ chức và hoạt động của bảo tàng tư nhân do Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch ban hành, chịu sự chỉ đạo về mặt chuyên môn nghiệp vụ của Cục Di sản Văn hóa, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Kiên Giang.