Những sửa đổi, bổ sung liên quan đến cơ cấu tổ chức của trường dự bị đại học; phòng chức năng; tổ bộ môn; hội đồng tư vấn; lớp học.
Điểm mới nhất tại thông tư là bổ sung nội dung “Hội đồng tư vấn” và “lớp học”. Theo đó, Hội đồng tư vấn của nhà trường được thành lập theo quyết định của hiệu trưởng. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, thời gian hoạt động, số lượng thành viên của các hội đồng tư vấn do hiệu trưởng quy định.
Học sinh được tổ chức thành lớp học theo khối thi. Mỗi lớp học không ít hơn 30 học sinh và không quá 45 học sinh.
Bãi bỏ những nội dung: Hội đồng khoa học và đào tạo; các ban chuyên môn; các trung tâm.
Trường dự bị ĐH có không quá 2 phó hiệu trưởng. Phó hiệu trưởng có các tiêu chuẩn: có phẩm chất chính trị, đạo đức tốt; có uy tín và năng lực quản lý; có trình độ ĐH trở lên; đã được bồi dưỡng về quản lý giáo dục; có sức khỏe tốt.
Phó hiệu trưởng phụ trách công tác chuyên môn phải có trình độ thạc sĩ trở lên; có năng lực chuyên môn và kinh nghiệm giảng dạy cấp trung học phổ thông hoặc dự bị ĐH. Độ tuổi khi bổ nhiệm phó hiệu trưởng không quá 55 đối với nam và không quá 50 đối với nữ.
Căn cứ tình hình cụ thể của nhà trường, hiệu trưởng quyết định thành lập không quá 5 phòng chức năng để thực hiện các lĩnh vực công tác như: hành chính, quản trị; tổ chức cán bộ; bồi dưỡng, quản lý chất lượng; kế hoạch, tài chính; công tác học sinh.
Đứng đầu phòng chức năng là trưởng phòng. Trưởng phòng do hiệu trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm. Giúp việc cho trưởng phòng có phó trưởng phòng. Nhiệm kỳ của trưởng phòng, phó trưởng phòng là 5 năm theo nhiệm kỳ hiệu trưởng. Độ tuổi khi bổ nhiệm trưởng, phó phòng không quá 55 đối với nam và không quá 50 đối với nữ.
Tổ bộ môn trực thuộc trường; được tổ chức theo môn học hoặc nhóm môn học. Căn cứ tình hình cụ thể của nhà trường, hiệu trưởng quyết định thành lập các tổ bộ môn.
Tổ bộ môn có tổ trưởng do hiệu trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm. Nhiệm kỳ của tổ trưởng là 5 năm. Giúp việc cho tổ trưởng có tổ phó do hiệu trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của tổ trưởng. Nhiệm kỳ của tổ phó là 5 năm theo nhiệm kỳ tổ trưởng.
Tổ trưởng, tổ phó có phẩm chất chính trị, đạo đức tốt; có trình độ đại học trở lên và có chuyên ngành được đào tạo phù hợp với chuyên môn; có uy tín về năng lực chuyên môn và nghiệp vụ đối với các giáo viên trong tổ; có sức khỏe tốt.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/2/2014.