Ngày 18/8/2009, Cơ quan CSĐT CA TP Hồ Chí Minh đã ra Quyết định khởi tố bị can, ra Lệnh bắt tạm giam đối với ông Đồng Xuân Phong để điều tra ông Phong về tội “Buôn lậu”.
Do Đồng Xuân Phong bỏ trốn khỏi cơ quan, không có mặt tại nơi cư trú, ngày 16/10/2009, Cơ quan CSĐT CA TP Hồ Chí Minh đã ra quyết định truy nã toàn quốc đối với Đồng Xuân Phong.
Quyết định truy nã Phong của CA TP Hồ Chí Minh được gửi đến tất cả các Phòng cảnh sát hình của CA các tỉnh, TP trên cả nước. CA TP Hải Phòng nhận được quyết định trên vào ngày 05/11/2009.
Ngoài việc gửi quyết định truy nã Đồng Xuân Phong, CA TP Hồ Chí Minh đã cử cán bộ trực tiếp phối hợp với CA TP Hải Phòng để truy bắt Đồng Xuân Phong nhưng không bắt được (mặc dù thời gian này Phong thường xuyên lẩn trốn tại địa bàn Hải Phòng).
Như đã dẫn, Dương Tự Trọng biết rất rõ Đồng Xuân Phong bị CA TP Hồ Chí Minh ra quyết định truy nã, truy bắt vì liên quan đến vụ án kinh tế nhưng Dương Tự Trọng đã không thực hiện nhiệm vụ.
Đặc biệt, ngày 22/4/2011, Phòng cảnh sát truy nã tội phạm - CA TP Hải Phòng có báo cáo về việc rà soát đối tượng truy nã có hộ khẩu thường trú tại Hải Phòng (trong đó có Đồng Xuân Phong) gửi đến Dương Tự Trọng - khi đó Dương Tự Trọng là Phó Giám đốc, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT CA TP Hải Phòng, nhưng Dương Tự Trọng đã không có ý kiến chỉ đạo, cũng không tổ chức, triển khai lực lượng tiến hành truy bắt Đồng Xuân Phong theo chức năng, nhiệm vụ được giao.
Ngày 17/5/2012, sau khi nhận được thông báo của Dương Chí Dũng (là anh trai Dương Tự Trọng) về việc đang bị cơ quan CSĐT Bộ CA khởi tố bị can và ra lệnh bắt tạm giam, Dương Tự Trọng đã chỉ dẫn anh trai về nhà bạn gái của Trọng để trốn và chờ người của Trọng đến đón.
Ngày 18/5/2012, thông qua Vũ Tiến Sơn (khi đó là Phó Trưởng phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội - CA TP Hải Phòng), Trọng đã yêu cầu Đồng Xuân Phong phối hợp cùng Vũ Tiến Sơn và một số đối tượng khác tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn ra nước ngoài.
