Nghị định trên quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật ngân sách nhà nước về lập dự toán ngân sách; thu nộp ngân sách; kiểm soát, thanh toán chi ngân sách; quản lý ngân sách nhà nước theo kết quả thực hiện nhiệm vụ; quyết toán ngân sách; nguyên tắc, điều kiện, thẩm quyền ứng trước dự toán, chi chuyển nguồn, sử dụng dự phòng ngân sách; sử dụng quỹ dự trữ tài chính; công khai ngân sách nhà nước, giám sát ngân sách nhà nước của cộng đồng và một số nội dung khác theo quy định của Luật ngân sách nhà nước.
Nghị định cũng quy định các nội dung về kế hoạch tài chính 5 năm, kế hoạch tài chính - ngân sách nhà nước 3 năm; quản lý, sử dụng ngân sách đối với một số hoạt động thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh, đối ngoại; cơ chế, chính sách tài chính - ngân sách đặc thù đối với một số tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; chế độ quản lý ngân quỹ nhà nước; quy chế xem xét, quyết định dự toán và phân bổ ngân sách địa phương, phê chuẩn quyết toán ngân sách địa phương được thực hiện theo quy định riêng của Chính phủ.
Nghị định quy định rõ cơ quan tài chính, Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm kiểm tra, kiểm soát và thanh toán đầy đủ, kịp thời theo tiến độ thực hiện các nhiệm vụ chi đã bố trí trong dự toán. Thủ trưởng cơ quan tài chính, Kho bạc Nhà nước có quyền từ chối các khoản chi không đủ điều kiện chi theo quy định tại khoản 2 Điều 12 Luật ngân sách nhà nước, chịu trách nhiệm về quyết định của mình theo quy định của pháp luật và phải thông báo kịp thời cho cơ quan, tổ chức, đơn vị biết. Trường hợp cơ quan, tổ chức, đơn vị bị từ chối chi không thống nhất với quyết định của cơ quan tài chính, Kho bạc Nhà nước, thì cơ quan, tổ chức, đơn vị có quyền báo cáo với cơ quan giao dự toán trực tiếp và cơ quan tài chính, Kho bạc Nhà nước cấp trên để xem xét xử lý.
Các cơ quan, tổ chức, đơn vị dự toán ngân sách không chấp hành đầy đủ kịp thời chế độ báo cáo kế toán, quyết toán, báo cáo tài chính khác theo quy định, cơ quan tài chính có quyền yêu cầu Kho bạc Nhà nước tạm đình chỉ chi ngân sách, trừ các khoản chi lương, phụ cấp, trợ cấp xã hội, học bổng và một số khoản chi cấp thiết theo quy định của Bộ Tài chính và chịu trách nhiệm về quyết định của mình. Khi quyết định tạm đình chỉ chi ngân sách, cơ quan tài chính đồng thời thông báo cho cơ quan quản lý cấp trên của các cơ quan, tổ chức, đơn vị bị tạm đình chỉ chi biết.
Chi ngân sách nhà nước thực hiện theo nguyên tắc thanh toán trực tiếp từ Kho bạc Nhà nước cho người hưởng lương, phụ cấp, trợ cấp và người cung cấp hàng hóa, dịch vụ. Trường hợp một số khoản chi chưa có đủ điều kiện thực hiện việc thanh toán trực tiếp từ Kho bạc Nhà nước, đơn vị sử dụng ngân sách được tạm ứng kinh phí để chủ động chi theo dự toán được giao, sau đó đơn vị thanh toán với Kho bạc Nhà nước theo đúng quy định của Bộ Tài chính.
Riêng đối với các khoản chi từ nguồn vốn vay ngoài nước của Chính phủ, viện trợ không hoàn lại theo hiệp định hoặc thỏa thuận tài trợ có quy định giải ngân qua ngân hàng phục vụ để chuyển tiền trực tiếp cho chương trình, dự án, thì phải thực hiện kiểm soát chi theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và định kỳ phải hạch toán vào ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 2 Điều 32 và khoản 1 Điều 33 của Nghị định này.
