Tom Cruise sống độc thân một thời gian dài từ khi ly hôn Katie Holmes năm 2012. Gần đây, nhiều nguồn tin cho rằng Tom đang hẹn hò người phụ nữ tên Emily. Cô là trợ lý phim Mission: Impossible - Rogue Nation và là ngườigiúp Tom rất nhiều trên trường quay khi bộ phim thực hiện ở Anh, Áo và Morocco năm ngoái. Hiện cô cũng là trợ lý cho Mena - bộ phim mới nhất mà Tom Cruise tham gia. Emily năm nay mới 22 tuổi trong khi Tom 53 tuổi. Cô được đánh giá là có gương mặt hao hao Katie Holmes.
Tom Cruise và Katie Holmes hẹn hò từ tháng 4/2005 và gắn với nhau từ đó với tên TomKat. Đám cưới diễn ra năm 2006 tại một lâu đài ở Italy. Họ ly hôn năm 2012 sau sáu năm chung sống.
Trước Katie, Tom có thời gian hẹn hò Sofia Vergara sau khi được Will Smith giới thiệu tại một bữa tiệc. Mối quan hệ kéo dài khoảng ba tháng.
Tom Cruise hẹn hò Penelope Cruz sau khi gặp nhau trên trường quay phim Vanilla Sky. Họ bên nhau ba năm (2001 - 2004) trước khi chia tay nhưng vẫn giữ mối quan hệ bạn bè.
Tom và Nicole Kidman gặp nhau trên trường quay Days Of Thunder năm 1990. Họ kết hôn cùng năm ở Colorado. Nicole cao hơn Tom nên hiếm khi cô đi giày cao gót mỗi lần xuất hiện cùng nhau. Nicole mang thai hai lần với Tom Cruise nhưng cả hai lần đều bị sảy. Họ nhận hai con nuôi là Isabella và Connor. Cả hai ly hôn năm 2001 sau 11 năm chung sống.
Trước Nicole, Tom kết hôn với nữ diễn viên Mimi Rogers. Đây được cho là người đã giới thiệu Tom Cruise vào giáo phái Scientology. Cả hai sống cùng nhau ba năm trước khi ly hôn năm 1990.
Tom Cruise từng hẹn hò danh ca Cher năm 1987 khi anh mới bắt đầu sự nghiệp và Cher đã ở đỉnh cao. Cher hơn bạn trai tới 16 tuổi nhưng cô từng thừa nhận: "Tôi đã phát điên vì anh ấy".
Tom và nữ diễn viên Heather Locklear qua lại với nhau năm 1982. Mối quan hệ được cho là không sâu sắc. Heather Locklear từng chia sẻ: "Tôi không nghĩ là chúng tôi đã hôn nhau. Nó giống như bạn bè nhiều hơn là tình yêu".
