Theo kết luận thanh tra của Sở GD&ĐT, về thực hiện chế độ học bổng đối với học sinh, theo quy định học sinh được hưởng học bổng chính sách bằng 80% mức lương tối thiểu của nhà nước và được hưởng 12 tháng trong năm, riêng đối với học sinh khối 12, học bổng được cấp theo số tháng thực học tại trường.
Tuy nhiên qua thanh tra cho thấy: Trong năm học 2010-2011 đến 2014-2015, trường chi trả học bổng vượt số lượng được duyệt cho 36 học sinh với số tiền là 345.024.000 đồng.
Về chế độ thưởng đối với học sinh khá, giỏi: Theo quy định, học sinh nếu học tập và rèn luyện tốt (ở năm học trước đó) được nhà trường thưởng 1 lần/năm, mức thưởng: Đạt kết quả khá 400.000 đồng; đạt kết quả giỏi 600.000 đồng.
Nhưng từ năm học 2009 - 2014, tổng số học sinh được thưởng là 2.450 lượt em, số tiền trường đã chi cho học sinh là 213.000.000 đồng, trong khi số tiền phải chi theo quy định là 1.505.800.000 đồng, như vậy số tiền còn thiếu trong các năm học là 842.800.000 đồng.
Trong đó, số tiền còn thiếu trên trường đã chi học bổng vượt số lượng được duyệt 345.024.000 đồng; chi cho học sinh đi tham quan ngoại khóa 254.780.000 đồng; chi học sinh ăn tết tại trường 142.761.000 đồng và thưởng cho tập thể học sinh xuất sắc, tập thể học sinh tiên tiến, phòng ở kiểu mẫu, học sinh giỏi cấp tỉnh, cấp quốc gia.
Về trang cấp hiện vật và bảo hiểm y tế, Trường DTNT tỉnh Thanh Hóa không mua phát quần áo dài tay, áo nilong đi mưa, áo ấm cho học sinh trong suốt 4 năm học.
Theo quy định, hàng năm trường phải chi mua bảo hiểm y tế (BHYT) cho những học sinh chưa có thẻ BHYT, nhưng từ năm học 2009 - 2013 trường chỉ mua bảo hiểm thân thể bằng kinh phí ngân sách, không mua BHYT; Năm học 2013-2014, nhà trường mua BHYT cho học sinh, nhưng từ kinh phí học sinh đóng góp.
Ngoài ra, trong việc chi hỗ trợ học phẩm cho học sinh, hàng năm trường cấp tiền cho học sinh tự mua học phẩm nhưng khi cấp không tính theo giá thị trường tại thời điểm cấp. Năm học 2011-2012, nhà trường không cấp học phẩm cho học sinh.
Trước những sai phạm trên, thanh tra Sở GD&ĐT Thanh Hóa đã yêu cầu xử phạt hành chính đối với Trường THPT DTNT tỉnh với việc thu tiền BHYT học sinh trái quy định; Yêu cầu nhà trường tổ chức trả lại cho học sinh số tiền BHYT đã thu.
Đối với bà Phạm Thị Hà - Hiệu trường nhà trường - phải kiểm điểm, chịu trách nhiệm trước những sai phạm trên tại đơn vị.