Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc quyết định cảnh cáo đối với ông Vũ Văn Ninh, nguyên Phó thủ tướng nhiệm kỳ 2011 - 2016, do có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và trước đó đã bị Bộ Chính trị kỷ luật về Đảng.
Tháng 7/2019, Bộ Chính trị cảnh cáo ông Ninh, yêu cầu cấp có thẩm quyền kỷ luật hành chính tương ứng với kỷ luật về Đảng.
Theo kết luận của Bộ Chính trị, trong thời gian là Ủy viên Trung ương Đảng, Ủy viên Ban cán sự Đảng Chính phủ, Phó thủ tướng phụ trách đổi mới doanh nghiệp từ tháng 8/2011 đến 4/2016, ông Ninh ký các văn bản trái với kết luận của Bộ Chính trị như: Đồng ý cho giảm và thoái toàn bộ vốn nhà nước tại Công ty cổ phần cảng Quy Nhơn; bán vốn nhà nước tại Công ty cổ phần cảng Quảng Ninh; đồng ý chủ trương để UBND tỉnh Khánh Hòa sau khi nhận chuyển giao Công ty cổ phần cảng Nha Trang tiếp tục được thoái vốn nhà nước theo hướng không nắm giữ cổ phần chi phối; đồng ý chủ trương cổ phần hóa Công ty mẹ - Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam - doanh nghiệp không thuộc trường hợp cổ phần hóa; đồng ý chủ trương cổ phần hóa 10 đoạn quản lý đường thủy nội địa (đơn vị sự nghiệp kinh tế chưa được quy định cổ phần hóa).
Với cương vị Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Ban cán sự Đảng, Bộ trưởng Tài chính kiêm Chủ tịch Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội Việt Nam giai đoạn từ tháng 7/2006 đến năm 2011, ông Vũ Văn Ninh đã thiếu trách nhiệm lãnh đạo, kiểm tra, vi phạm Luật Bảo hiểm xã hội và Nghị định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
Hậu quả là hai Tổng giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam (năm 2008 - 2009) vi phạm nghiêm trọng các quy định của pháp luật trong việc ký hợp đồng cho Công ty cho thuê tài chính II, là tổ chức tín dụng phi ngân hàng thuộc Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam, vay 1.010 tỷ đồng.
Đến nay, Công ty cho thuê tài chính II đã phá sản, làm cho Nhà nước thiệt hại lớn số tiền gốc và lãi, hai lãnh đạo Bảo hiểm xã hội Việt Nam và nhiều cán bộ, đảng viên liên quan bị khởi tố để điều tra hình sự.
Ông Vũ Văn Ninh sinh năm 1955, quê Nam Định, là Ủy viên Trung ương Đảng khóa X, XI; đại biểu Quốc hội khóa XII, XIII. Ông từng là Thứ trưởng Tài chính, Phó chủ tịch TP Hà Nội, Bộ trưởng Tài chính. Từ tháng 8/2011 đến tháng 4/2016, ông giữ chức Phó Thủ tướng.
