Theo nguồn tin uy tín, nguyên nhân khiến tiền vệ Việt kiều Nguyễn An Khánh không có mặt trong đội hình các cấp độ trẻ của Việt Nam thời gian gần đây đến từ chính quyết định của gia đình cầu thủ này.
Sau khi bị loại khỏi U23 Việt Nam ở Vòng loại AFC U23 Asian Cup, An Khánh vẫn được HLV Hoàng Anh Tuấn điền tên tham dự U18 Seoul Cup cùng U18 Việt Nam trong kì FIFA Days tháng 10 ngay sau đó tại Hàn Quốc.
Tuy nhiên, phía gia đình An Khánh đã từ chối cơ hội này bởi không muốn để cầu thủ này thi đấu cho các đội tuyển trẻ Việt Nam nào khác trừ cấp độ cao nhất là U23.
Phong độ trong mùa giải 2023-2024 của Việt kiều đang khoác áo CLB Sigma Olomouc vẫn có sự tiến bộ nào đáng kể. Tại mùa giải 2022/23, An Khánh thi đấu 29 trận và ghi được 8 bàn.
Trong khi đó ở mùa này, An Khánh mới ghi được vỏn vẹn 1 bàn thắng.Trong các đợt tập trung gần đây của U19 Czech, dù có tên trong danh sách sơ bộ (dự phòng), An Khánh chưa bao giờ được ra sân ở các trận đấu chính thức.
Ngày 28/3, HLV Hoàng Anh Tuấn được bổ nhiệm làm HLV trưởng U23 Việt Nam tham dự Vòng chung kết Giải bóng đá U23 châu Á 2024.
HLV Hoàng Anh Tuấn không có được danh sách sơ bộ 50 cầu thủ như ý bởi quyết định trước đó ông Troussier đã gửi nó lên Liên đoàn bóng đá châu Á.
Đáng chú ý, tiền vệ Việt kiều Andrej Nguyễn An Khánh không có tên trong bản danh sách trên.
Hồi tháng 9/2023, HLV Troussier gạch tên An Khánh khi ông chốt danh sách U23 Việt Nam đá Vòng loại U23 châu Á 2024. Andrej Nguyễn đã xin phép ban huấn luyện cho trở về Séc mặc dù được bố trí ở lại Hà Nội tập cùng ĐTQG.
U23 Việt Nam giành vé dự VCK U23 châu Á 2024 với tư cách là đội đứng đầu bảng C với 7 điểm tại vòng loại. Đội nằm ở bảng D cùng với Uzbekistan, Kuwait và Malaysia tại giải đấu năm nay.