Theo kết luận của UBND tỉnh Nghệ An, chùa Linh Sâm được xây dựng đã có nhiều hành vi vi phạm. Trong đó, hành vi chiếm đất thuộc Di tích lịch sử, kiến trúc nghệ thuật Quốc gia đền Hữu (xã Thanh Yên, huyện Thanh Chương) diện tích 3.743 m2 bị xử phạt 35 triệu đồng. Buộc cơ sở tôn giáo chùa Linh Sâm phải trả lại diện tích đất đã chiếm thuộc Di tích Quốc gia Đền Hữu.
Với hành vi xây dựng công trình chiếm đất thuộc Di tích đền Hữu, chùa Linh Sâm bị hạt 55 triệu đồng và buộc phải tháo dỡ công trình, phần công trình vi phạm.
Với hành vi chiếm đất nông nghiệp không phải là đất trồng lúa, đất rừng đặc dụng, đất rừng phòng hộ, đất rừng sản xuất tại khu vực nông thôn với diện tích 1.585,5 m2, chùa Linh Sâm bị phạt 20 triệu đồng và buộc phải khôi phục lại tình trạng ban đầu và trả lại đất đã lấn chiếm.
Như đã đưa tin trước đó, đầu tháng 8/2019 chùa Linh Sâm được xây dựng bên cạnh đền Hữu (đền thờ tướng Nguyễn Cảnh Hoan) khi chưa được cấp phép.
Tháng 10/2019, chính quyền xã Thanh Yên ra văn bản đình chỉ việc xây dựng. Khi đó, các công trình gồm: 6 tòa nhà và cổng tam quan với kiến trúc đồ sộ, cơ bản hoàn thành phần thô. Khu vực xây dựng chiếm diện tích khoảng 6.000m².
Theo báo cáo của Sở Văn hóa và Thể thao tỉnh Nghệ An, trên khuôn viên được khoanh vùng bảo vệ của đền Hữu bị chủ đầu tư chùa Linh Sâm xây dựng trái phép, lấn chiếm với diện tích 5.700 m2.
Liên quan đến sự việc trên, UBND tỉnh Nghệ An cũng đã có công văn hỏa tốc yêu cầu UBND huyện Thanh Chương chủ trì phối hợp với các sở, ngành liên quan khẩn trương kiểm tra, kịp thời xử lý các vi phạm theo luật.
Đầu năm 2020, UBND huyện Thanh Chương đã kỷ luật cảnh cáo 3 cán bộ xã Thanh Yên gồm: ông Nguyễn Văn Dũng (cán bộ địa chính); ông Lê Hồng Long (Bí thư Đảng ủy xã, nguyên Chủ tịch UBND xã) và ông Nguyễn Cảnh Điền (Phó chủ tịch UBND xã). Ông Bùi Trung Thông - cán bộ văn hóa xã Thanh Yên bị khiển trách.
