Các đạo luật đại học cho phép các đại học ở Yangon và Mandalay duy trì sự độc lập cho đến khi bị hủy bỏ vào năm 1962, sau khi tướng Ne Win lên nắm quyền. Từ đó, các hội đồng trường đại học được thành lập để quản lý giáo dục đại học, đưa đến sự ra đời của Bộ giáo dục đại học. Theo luật giáo dục quốc gia đã được chuẩn thuận vào năm 2014 và 2015, chính phủ hứa hẹn sẽ trao quyền tự trị nhiều hơn cho các trường đại học.
Tuy nhiên, quyền tự trị vẫn còn hạn chế đã khiến chất lượng ở các trường đại học không được cải thiện nhiều. Theo U Zaw Myo Hlaing, giảng viên vật lý tại ĐH West Yangon, các trường bị kiểm soát gắt gao bởi các luật lệ của Bộ giáo dục đại học. “Bộ đã đặt ra một chính sách không khoan nhượng. Chúng tôi làm việc theo nguyên tắc cứng nhắc và không thể thực hiện những thay đổi gì. Điều này đã kìm hãm sự phát triển trong lĩnh vực giáo dục”.