Trong thời gian giữ chức vụ chủ tịch UBND huyện Minh Hóa, ông Đinh Hữu Niên đã có những sai phạm trong công tác quản lý và điều hành các hoạt động của mình.
Cụ thể, ông Niên là người chịu trách nhiệm chính trong việc xảy ra sai phạm trong đưa giống rừng trồng về cho dân, để cho doanh nghiệp tư nhân phù phép giống không đảm bảo chất lượng về dân khiến bà con điêu đứng.
Ông Niên cũng là người làm sai trái khi hủy thầu giống lạc tốt để đưa giống lạc giả về cho người dân miền núi rẻo cao khiến ngân sách nhà nước thiệt hại 360 triệu đồng đến nay chưa hoàn trả theo yêu cầu của cấp trên.
Năm 2016, ông Đinh Hữu Niên ra quyết định điều chuyển 145 giáo viên trái nguyên tắc làm ảnh hưởng đến hoạt động dạy và học của ngành GD&ĐT huyện Minh Hóa bị UBND tỉnh Quảng Bình thanh tra kết luận là sai trái, buộc phải kiểm điểm rút kinh nghiệm sâu sắc.
Ông Đinh Hữu Niên cũng ký hợp đồng với 68 giáo viên mà không phân cấp về cho hiệu trưởng các trường ký khiến cả huyện phải khắc phục để đảm bảo quyền lợi của các giáo viên….
Với rất nhiều sai phạm trong quá trình công tác, ngày 31/10, Tỉnh uỷ tỉnh Quảng Bình đã có thông báo kỷ luật đối với ông Đinh Hữu Niên, Phó Bí thư Huyện ủy, Chủ tịch UBND huyện Minh Hóa.