UBKTTƯ tại Kỳ họp thứ 37 đã quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo ông Nguyễn Văn Công, Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ GTVT. Ngoài ra, hai Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Ngọc Đông và Nguyễn Nhật cũng bị khiển trách. Cùng với đó, UBKTTƯ đề nghị Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016 và ông Nguyễn Hồng Trường, nguyên Ủy viên Ban Cán sự đảng, nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT.
Việc UBKTTƯ chỉ ra sai phạm của ông Đinh La Thăng, nguyên Bộ trưởng Bộ GTVT cùng với 4 Thứ trưởng Bộ GTVT gồm các ông: Nguyễn Văn Công, Nguyễn Ngọc Đông, Nguyễn Nhật và Nguyễn Hồng Trường về vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, để xảy ra nhiều vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn Nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc Bộ GTVT đang được dư luận hết sức quan tâm.
Ngoài ông Đinh La Thăng bị kỷ luật và đang thi hành án phạt tù, trong các Thứ trưởng còn lại thì sai phạm của ông Nguyễn Văn Công bị đánh giá là nghiêm trọng nhất. Trước khi bị UBKTTƯ chỉ ra các sai phạm trong cổ phần hoá các doanh nghiệp thuộc Bộ GTVT, Thứ trưởng Nguyễn Văn Công là người trực tiếp ký các văn bản liên quan tới cổ phần hoá Cảng Quy Nhơn dẫn tới sai phạm nghiêm trọng.
Liên quan đến sai phạm trên, trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định phê duyệt Đề án tái cơ cấu Vinalines giai đoạn 2012 - 2015, Nhà nước nắm 75% vốn điều lệ Cảng Quy Nhơn sau cổ phần hoá. Quá trình cổ phần hoá và chuyển nhượng tài sản Nhà nước cho tư nhân tại Cảng Quy Nhơn có những dấu hiệu bất thường. Để làm rõ những bất thường nêu trên, cuối tháng 3/2017, UBKTTƯ đã yêu cầu thanh tra toàn diện quá trình cổ phần hoá cảng biển trọng điểm khu vực miền Trung này.
Kết luận của Thanh tra Chính phủ đã chỉ rõ: Việc cổ phần hóa, thoái vốn Nhà nước tại Cảng Quy Nhơn, Bộ GTVT, Vinalines, Ban Chỉ đạo cổ phần hóa, Tổ giúp việc, Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn và các cơ quan, đơn vị có liên quan đã để xảy ra nhiều khuyết điểm, vi phạm. Đáng chú ý, Bộ GTVT đã ban hành 2 văn bản do Thứ trưởng Nguyễn Văn Công ký ban hành về chuyển nhượng cổ phần tại Công ty Cổ phần Cảng Quy Nhơn cho Công ty Hợp Thành theo phương thức thỏa thuận trực tiếp khi không báo cáo, chưa được Thủ tướng Chính phủ cho phép là trái thẩm quyền. Thanh tra Chính phủ đã yêu cầu bộ hủy bỏ 2 văn bản trên và kiến nghị thu hồi số cổ phần đã bán cho Công ty Hợp Thành. Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Bộ GTVT chỉ đạo Vinalines xem xét, xử lý việc bán 10% cổ phần cho Công ty Hợp Thành tại thời điểm bắt đầu cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn.
Thực hiện kết luận của Thanh tra Chính phủ, cuối tháng 2/2019, Bộ GTVT đã tiếp tục ban hành văn bản hủy bỏ 2 văn bản do Thứ trưởng Nguyễn Văn Công ký ban hành liên quan đến chuyển nhượng cổ phần Cảng Quy Nhơn. Đồng thời, Bộ GTVT giao cho Vinalines làm việc với Công ty Hợp Thành, thống nhất nguyên tắc thu lại 75,01% cổ phần đã bán (tương đương 30.312.262 cổ phiếu).
Đối với nguyên Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường, thời gian đương chức đã mắc phải những sai phạm về việc thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn Nhà nước tại các tổng công ty trực thuộc Bộ GTVT. Ông Trường còn liên quan tới các sai phạm về việc chỉ định thầu các trạm dừng nghỉ trên cao tốc do Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) quản lý và sai phạm thu phí trên cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.
Sau khi xác minh, đoàn xác minh của Bộ GTVT kết luận VEC chỉ định nhà đầu tư các trạm dừng nghỉ trái luật trên 3 tuyến cao tốc gồm: Tuyến Cầu Giẽ - Ninh Bình, Nội Bài - Lào Cai, TPHCM - Long Thành - Dầu Giây và đây là nội dung tố cáo có cơ sở. Theo Bộ GTVT, sai sót trên được xác định từ việc Chủ tịch Hội đồng thành viên VEC ký hợp đồng với các nhà đầu tư xây dựng trạm dừng nghỉ trên 3 tuyến cao tốc không thông qua đấu thầu.
Riêng với hai Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông và Nguyễn Nhật, cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm trên và trách nhiệm cá nhân trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.
