Theo dự kiến, việc tổ chức 2 loại cụm thi là để tạo điều kiện nhất cho thí sinh. Dù thi ở cụm thi nào cũng đều có trường ĐH tham gia để bảo đảm tính công bằng, khách quan, nghiêm túc của kỳ thi. Tuy nhiên, để linh hoạt trong việc tổ chức cụm thi sao cho thuận lợi nhất cho thí sinh, Bộ GD&ĐT chủ trương tùy tình hình cụ thể của địa phương, Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định không tổ chức cụm thi tốt nghiệp mà tổ chức cho cả hai đối tượng thí sinh dự thi ở cụm thi ĐH tại địa phương.
Như vậy, Kỳ thi THPT quốc gia năm 2016, trên cả nước sẽ có 50 cụm thi tốt nghiệp THPT do 49 Sở GD&ĐT và Cục nhà trường chủ trì với sự phối hợp của các trường ĐH-CĐ. Có 14 địa phương không có cụm thi tốt nghiệp như TPHCM, Đà Nẵng, Hải Phòng, Hà Tĩnh, Bà Rịa - Vũng Tàu, Bình Dương… đồng thời có 70 cụm thi do các trường ĐH chủ trì. Theo đó, Hà Nội sẽ có cả 2 loại cụm thi trong đó có 5 cụm đại học do các trường: Đại học Bách khoa Hà Nội, Đại học Sư phạm Hà Nội, Đại học Thủy lợi, Học viện Kĩ thuật Quân sự, Đại học Lâm nghiệp chủ trì. TP Hồ Chí Minh chỉ có cụm đại học do các trường: Đại học Bách khoa - ĐHQG TP Hồ Chí Minh, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG TP Hồ Chí Minh, Trường Đạị học Khoa học xã hội và Nhân văn - ĐHQG TP Hồ Chí Minh, Trường Đại học Sư phạm TP Hồ Chí Minh chủ trì.
Kỳ thi THPT quốc gia 2016 tổ chức thi 8 môn gồm: Toán, Văn, Lịch sử, Địa lý, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Ngoại ngữ. Các môn Toán, Văn, Lịch sử, Địa lý thi theo hình thức tự luận, thời gian làm bài 180 phút. Các môn Vật lý, Hóa học, Sinh học thi theo hình thức trắc nghiệm, thời gian làm bài 90 phút. Các môn Ngoại ngữ thi viết và trắc nghiệm. Riêng đề thi môn Ngữ văn có 2 phần đọc hiểu và làm văn. Ngày 30/6, 8 giờ sáng thí sinh làm thủ tục dự thi gồm nhận thẻ dự thi và đính chính các sai sót nếu có.
Về điều kiện dự thi, thí sinh hoàn thành chương trình THPT trong năm tổ chức kỳ thi hạnh kiểm xếp loại trung bình trở lên, học lực không bị xếp loại kém. Người học giáo dục thường xuyên thuộc diện không phải xếp loại hạnh kiểm không đạt yêu cầu, xếp loại hạnh kiểm kém.
Thí sinh tự do chưa tốt nghiệp THPT: Đã tốt nghiệp THCS. Trường hợp không đủ điều kiện dự thi năm trước do xếp loại học lực kém, phải đăng ký và dự kỳ kiểm tra cuối năm học tại trường phổ thông nơi học lớp 12 hoặc ĐKDT và đạt kết quả đủ điều kiện về học lực theo quy định.
Trường hợp không đủ điều kiện dự thi trong các năm trước do bị xếp loại yếu về hạnh kiểm ở lớp 12 phải có xác nhận của UBND cấp xã nơi cư trú.
Thí sinh tốt nghiệp trung cấp cũng được dự thi.
