Cụ thể, doanh nghiệp nhà nước hàng năm phải trích từ 3% đến 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.
Doanh nghiệp ngoài nhà nước được quyền trích từ thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp một tỷ lệ hợp lý, tối đa 10% để lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.
Thủ tướng Chính phủ ban hành quy định khuyến khích doanh nghiệp trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ để đầu tư tăng cường tiềm lực khoa học công nghệ cho doanh nghiệp và cho ngành, lĩnh vực sản xuất kinh doanh, góp phần nâng cao hiệu quả và sức cạnh tranh.
Nghị định cũng quy định khuyến khích tổ chức, cá nhân đầu tư cho khoa học và công nghệ tại Việt Nam dưới các hình thức: Đầu tư trực tiếp, liên doanh, liên kết...
Quỹ phát triển khoa học và công nghệ do tổ chức, cá nhân thành lập là tổ chức hoạt động không vì mục đích lợi nhuận để tài trợ không hoàn lại, cho vay với lãi suất thấp hoặc không lấy lãi, bảo lãnh vốn vay, phục vụ nhu cầu phát triển khoa học và công nghệ.
Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các tổ chức, cá nhân được hình thành từ vốn đóng góp của các tổ chức, cá nhân sáng lập không có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước; vốn góp tự nguyện, hiến, tặng; các nguồn hợp pháp khác.
Quỹ phát triển khoa học và công nghệ do tổ chức, cá nhân thành lập được ưu tiên trong việc thuê đất xây dựng trụ sở chính và các chi nhánh của quỹ.
Nghị định cũng quy định các ưu đãi dành cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ như: Được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xem xét, giao quyền sử dụng hoặc quyền sở hữu các kết quả khoa học và công nghệ thuộc sở hữu nhà nước; hưởng chế độ miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp đầu tư vào khu công nghệ cao theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản pháp luật có liên quan…
