Ông Nguyễn Đức Chung bị khởi tố, điều tra về hành vi Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước, quy định tại Điều 337 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017. Việc khởi tố, bắt tạm giam được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Trước đó, ngày 11/8, Bộ Chính trị đã quyết định đình chỉ sinh hoạt Ban Chấp hành Đảng bộ, Ban Thường vụ Thành ủy Hà Nội và đình chỉ chức vụ Phó Bí thư Thành ủy Hà Nội đối với ông Nguyễn Đức Chung, Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Bí thư Thành ủy, Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội để xác minh, điều tra làm rõ trách nhiệm có liên quan trong một số vụ án theo quy định của pháp luật.
Cùng ngày, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc ký Quyết định 1223/QĐ-TTg tạm đình chỉ công tác đối với ông Nguyễn Đức Chung, Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội. Quyết định nêu rõ, tạm đình chỉ công tác đối với ông Nguyễn Đức Chung, Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội để xác minh, điều tra làm rõ trách nhiệm trong một số vụ án theo quy định của pháp luật. Thời hạn tạm đình chỉ công tác là 90 ngày, kể từ ngày ra quyết định tạm đình chỉ công tác.
Cũng trong ngày 11/8, Thiếu tướng Tô Ân Xô, Chánh Văn phòng, người phát ngôn của Bộ Công an cho biết, theo điều tra ban đầu, ông Nguyễn Đức Chung có liên quan tới ba vụ án, gồm: vụ án “Buôn lậu”, “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Rửa tiền”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiệm trọng” xảy ra tại Cty trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Kỹ thuật Nhật Cường (Cty Nhật Cường), Sở KH&ĐT Hà Nội và một số đơn vị liên quan.
Thứ hai là vụ án “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” xảy ra tại TP Hà Nội; thứ ba là vụ án “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” mà Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã khởi tố vụ án.
Từ giữa tháng 5/2019, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã khởi tố vụ án số 27/C03-P14 về tội “Buôn lậu” và “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Kỹ thuật Nhật Cường. Đồng thời khởi tố bị can đối với Bùi Quang Huy (SN 1974), Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường và đồng phạm để điều tra về hai tội danh nêu trên. Đến ngày 18/5/2019, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an ra quyết định truy nã toàn quốc và quốc tế Bùi Quang Huy.
Quá trình mở rộng điều tra vụ án, từ tháng 7 đến tháng 11/2019, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã lần lượt ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự và khởi tố bổ sung tội danh “Rửa tiền”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” đối với bị can Bùi Quang Huy, Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường.
Liên quan đến hành vi “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Sở KH&ĐT Hà Nội và các đơn vị có liên quan, ngoài Bùi Quang Huy, CQĐT cũng đã khởi tố bị can, bắt tạm giam một loạt cán bộ, lãnh đạo và nguyên lãnh đạo Sở KH&ĐT thành phố Hà Nội và Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh. Trong số các bị can có ông Nguyễn Văn Tứ, Chánh Văn phòng Thành ủy Hà Nội, nguyên Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội; Nguyễn Tiến Học, nguyên Phó Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội và Lê Duy Tuấn, Giám đốc kinh doanh Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư và phát triển Đông Kinh.
Nhóm bị can này được xác định có liên quan đến việc phê duyệt, thực hiện gói thầu “Số hóa tài liệu hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trên địa bàn thành phố Hà Nội năm 2016”. Gói thầu trên được ký ngày 26/12/2016 giữa 3 bên là Sở KH&ĐT Hà Nội; Công ty TNHH và dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường và Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh. Giá trị hợp đồng là gần 43 tỷ đồng bao gồm toàn bộ chi phí vận hành, vận chuyển, hỗ trợ, chuyển giao các loại thuế, phí, lệ phí theo quy định của Nhà nước…
Đến ngày 10/7/2020, anh trai của bị can Bùi Quang Huy là Bùi Quốc Việt (SN 1970) đã bị khởi tố, bắt tạm giam về tội “buôn lậu”...
Trong một diễn biến bất ngờ có liên quan đến vụ án Nhật Cường, ngày 13/7, Cơ quan ANĐT - Bộ Công an đã thi hành lệnh khám xét khẩn cấp nơi ở, nơi làm việc của hai cán bộ thuộc UBND TP Hà Nội và một cán bộ công an thuộc C03 về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước”.