Viện Hóa học các Hợp chất thiên nhiên với chức năng nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu triển khai về các lĩnh vực Hoá học các hợp chất thiên nhiên, hoá dược và vật liệu mới. Viện thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khai thác hợp lý các hợp chất thiên nhiên từ tài nguyên sinh vật ở đất liền, dưới biển và vi sinh vật.
Viện cũng tham gia đào tạo cán bộ sau ĐH thuộc lĩnh vực Hoá học các hợp chất thiên nhiên. Đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn, tư vấn, thiết kế và chế tạo thiết bị, phân tích, thẩm định, giám sát, chuyển giao công nghệ trong các lĩnh vực nghiên cứu trên. Đào tạo tiến sỹ chuyên ngành Hoá học các hợp chất thiên nhiên và Kỹ thuật Hóa học
Cùng với đó là các hoạt động KHCN theo Chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học công nghệ và triển khai công nghệ về hóa học các hợp chất thiên nhiên, hóa dược, thực phẩm, nông nghiệp, môi trường và chế biến tài nguyên thiên nhiên; Sản xuất, kinh doanh các sản phẩm trên cơ sở kết quả nghiên cứu hoặc cải tiến công nghệ phục vụ công nghiệp dược, thực phẩm, nông nghiệp, bảo vệ môi trường, thăm dò và khai thác dấu khí.
Về phía Trường Đại học Thuỷ lợi, là cơ sở uy tín hàng đầu đất nước trong việc đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, nghiên cứu khoa học, phát triển và chuyển giao công nghệ tiên tiến trong các ngành khoa học, kỹ thuật, kinh tế và quản lý, đặc biệt trong lĩnh vực thuỷ lợi, môi trường, phòng chống và giảm nhẹ thiên tai. Trường đã có các quan hệ hợp tác, đối ngoại với các đại học tiên tiến trên thế giới, góp phần nâng cao chất lượng đào tạo, NCKH, chuyển giao KHCN chất lượng cao.
Hai bên đã cùng ký kết văn bản thoả thuận hợp tác. Theo đó nội dung hợp tác giữa Đại học Thủy lợi và Viện hóa học các hợp chất thiên nhiên về các hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học và phục vụ sản xuất. Cụ thế như sau
Về đào tạo: Tổ chức các hội thảo giới thiệu về công việc, cơ hội việc làm, quy định, văn hóa của Viện cho các sinh viên ngành Kỹ thuật Hóa học - Trường Đại học Thủy lợi (gọi tắt là sinh viên); Hợp tác đào tạo sinh viên theo nhu cầu cụ thể của hai bên. Hai bên cùng tạo điều kiện cho sinh viên được tham gia thực tập và làm việc tại Viện Hóa học các Hợp chất Thiên nhiên.
Về nghiên cứu khoa học và phục vụ sản xuất: Hai bên phối hợp nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu triển khai về các lĩnh vực Công nghệ Hóa học, Hoá học các Hợp chất Thiên nhiên, Hoá dược và Vật liệu mới; Hai bên phối hợp triển khai các hoạt động của “Trung tâm Nghiên cứu Hóa học Ứng dụng” đặt tại Đại học Thủy lợi cơ sở Hưng Yên.