Về việc tổ chức thi, Hội đồng thi đảm bảo 2 nguyên tắc: An toàn sức khỏe cho tất cả thí sinh, cán bộ, giáo viên tham gia làm thi, phụ huynh học sinh; an toàn an ninh, nghiêm túc, khách quan, đúng Quy chế thi. Hội đồng thi chủ động xây dựng phương án cho thí sinh thuộc đối tượng F1, F2 (nếu có) trong các ngày thi.
Theo thống kê, cả nước có 27 tỉnh, thành phố với 26.014 thí sinh sẽ tham dự kỳ thi tốt nghiệp THPT đợt hai. Đà Nẵng có số lượng thí sinh tham dự đông nhất với 10.807 em; Quảng Nam có 9.103 thí sinh; Đắk Lắk có 5.396 thí sinh... Một số địa phương như Sơn La, Nam Định, Hải Phòng, Kon Tum, Bà Rịa - Vũng Tàu chỉ có 1 thí sinh tham dự.
Theo phương án tổ chức kỳ thi, một số tỉnh có đông thí sinh dự thi sẽ tổ chức một hội đồng thi độc lập lại địa phương, một số tỉnh có ít thí sinh dự thi đợt này có thể “gửi” các thí sinh sang địa phương lân cận để cùng phối hợp tổ chức hội đồng thi ghép.
Kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2020 đợt 2 sẽ vẫn có 5 bài thi như với kỳ thi đợt đầu, trong đó có 3 bài thi độc lập là Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ; 1 bài thi tổ hợp Khoa học Tự nhiên (gồm các môn thi thành phần Vật lý, Hóa học, Sinh học); 1 bài thi tổ hợp Khoa học Xã hội (gồm các môn thi thành phần Lịch sử, Địa lý, Giáo dục công dân đối với thí sinh học chương trình giáo dục phổ thông, hoặc các môn thi thành phần Lịch sử, Địa lý đối với thí sinh học chương trình giáo dục thường xuyên).
Ngày 25/8, Sở GD&ĐT Quảng Bình cho biết, địa phương này sẽ không tổ chức thi đợt 2. Những thí sinh của tỉnh Quảng Bình đang được đề xuất dự thi tại 2 địa phương là Hà Nội và Đà Nẵng. Trong đó 1 thí sinh ở Hà Nội do đang cách ly y tế và 21 thí sinh còn lại được đề xuất thi tại TP. Đà Nẵng.